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Extraire des données raster en fonction des attributs d'un polygone

Extraire des données raster en fonction des attributs d'un polygone


J'ai une couche d'utilisation des terres avec une carte des États-Unis superposée sur le dessus. J'aimerais déterminer le pourcentage d'utilisations différentes des terres dans chaque État. Le meilleur moyen serait-il d'extraire par masque en utilisant chaque état puis de calculer au sein de chaque état ?

Je suis vraiment un utilisateur novice de SIG, donc toute aide/orientation serait incroyablement utile ! J'utilise ArcGIS 10.


Si vous avez une formation en Java, Python devrait être facile… voici quelque chose que j'ai mis en place :

import sys, os, arcpy InRaster = sys.argv[1] InShape = sys.argv[2] SplitField = sys.argv[3] OutFolder = sys.argv[4] # commutateurs simples basés sur la sortie, modifiez si nécessaire # notez que python est sensible à la casse (true != True) donc dans # le cas des booléens False est une constante comme True # mais true, TRUE ou toute autre combinaison n'est pas do_zoning = False # do Zonal Statistics as Table do_extract = True # faire Extraire par masque pour créer des rasters extraits # consultez l'analyste spatial si vous exécutez à partir d'une invite DOS if arcpy.CheckExtension("Spatial") == "Available": arcpy.AddMessage( "Checking out Spatial") arcpy.CheckOutExtension ("Spatial") sinon : arcpy.AddMessage( "Impossible d'obtenir l'extension d'analyste spatial") sys.exit(0) F = arcpy.ListFields(InShape,SplitField) sinon F : arcpy.AddError("Champ introuvable " + SplitField) sys.exit(-1) sinon os.path.exists(OutFolder): arcpy.AddError("Le chemin de sortie n'existe pas") sys.exit(-2) Values ​​= list() # nouvelle liste vide # étape à travers les fonctionnalités ajoutant chaque unité que value # à la liste de sorte que nous puissions ensuite parcourir plus tard arcpy.AddMessage("Obtention de valeurs uniques") avec arcpy.da.SearchCursor(InShape,[ SplitField ]) comme SCur : pour SRow dans SCur : sinon SRow[0 ] dans les valeurs : Values.append(SRow[0]) pour ThisValue dans les valeurs : # créer une couche d'entités basée uniquement sur cette valeur defQ = "%s = %s" % (SplitField,ThisValue) arcpy.MakeFeatureLayer_management(InShape," Layer",defQ) # définir la ou les sorties outDBF = "%sonalStat_%s.dbf" % (OutFolder,ThisValue) outRaster = "%sExtract_%s.tif" % (OutFolder,ThisValue) si do_zoning: arcpy.AddMessage("Zoning " + ThisValue) arcpy.sa.ZonalStatisticsAsTable("Layer",SplitField,InRaster,outDBF) if do_extract: # extraire le raster en utilisant la couche vers un objet arcpy Raster py_raster = arcpy.sa.ExtractByMask (InRaster,"Layer") py_raster.save(outRaster) # enregistre l'objet raster dans un raster # nettoie arcpy.Delete_management("Layer") # juste la couche, pas les données, donc ce nom peut être réutilisé arcpy.CheckInExtension ("Spatial") # version s extension d'analyste patial (si exécuté à partir de DOS)

Lisez la section Ajout d'un outil de script si vous souhaitez l'exécuter à partir du catalogue, sinon vous pouvez l'exécuter à partir de la fenêtre DOS (cmd).

Comme il est écrit, le code fera une extraction mais pas une statistique zonale, bien que le code soit là, je l'ai désactivé avec une variable booléenne (do_zonage).


Les cellules qui répondent à une requête d'attribut spécifiée peuvent être extraites vers un nouveau raster en sortie avec l'outil Extraire par attributs.

Des exemples d'applications pour cet outil incluent l'extraction de toutes les cellules qui ont une pente supérieure à 10 pour cent ou l'extraction de toutes les cellules attribuées à un zonage pour le développement commercial. Toutes les cellules qui répondent à la requête renverront, pour l'emplacement de la cellule, la valeur d'origine qui a été interrogée.

Les cellules qui répondent à la requête spécifiée ne doivent pas nécessairement être contiguës.


Extraire le raster par une liste d'objets SpatialPolygonsDataFrame dans R

J'essaie d'extraire les valeurs de cellules raster additionnées d'un seul gros fichier pour divers objets SpatialPolygonsDataFrames (SPDF) dans R stockés dans une liste, puis d'ajouter les valeurs extraites aux tables attributaires des objets SPDF. J'aimerais réitérer ce processus, et je n'ai aucune idée de comment le faire. J'ai trouvé une solution efficace pour plusieurs polygones stockés dans un seul objet SPDF (voir : https://gis.stackexchange.com/questions/130522/increasing-speed-of-crop-mask-extract-raster-by-many- polygons-in-r), mais ne savent pas comment appliquer la procédure recadrage > masque > extraction à une LISTE d'objets SPDF, chacun contenant plusieurs polygones. Voici un exemple reproductible :

Ce qui suit est ce que je voudrais exécuter pour toute la liste, dans un format forloop. Pour un seul SPDF de la liste, la série de fonctions suivante semble fonctionner :

Mais lorsque j'essaie d'isoler la première fonction de la liste SPDF ( raster::crop ), elle ne renvoie pas d'objet raster :

Lorsque j'essaie d'isoler la fonction de masque pour la liste SPDF ( raster::mask ), elle renvoie une erreur :


Paramètres

Raster en entrée à partir duquel les cellules seront extraites.

Un polygone (ou des polygones) défini par une série de sommets (coordonnées de point x,y) qui identifient la zone du raster en entrée à extraire. La dernière coordonnée d'une partie de polygone doit être la même que la première afin de fermer un polygone.

Lorsque vous spécifiez plusieurs polygones, ils doivent être contigus. Entrez la série de coordonnées polygone par polygone. Assurez-vous de fermer chaque partie en définissant la dernière coordonnée de la même manière que la première.

Les points sont dans les mêmes unités de carte que le raster en entrée.

Identifie s'il faut extraire les cellules à l'intérieur ou à l'extérieur du polygone en entrée.

  • À l'intérieur : mot-clé spécifiant que seules les cellules à l'intérieur du polygone en entrée doivent être sélectionnées et écrites dans le raster en sortie. Toutes les cellules en dehors du polygone recevront des valeurs NoData sur le raster en sortie.
  • Outside —Un mot-clé spécifiant que les cellules en dehors du polygone en entrée doivent être sélectionnées et écrites dans le raster en sortie. Toutes les cellules à l'intérieur du polygone recevront NoData.

Valeur de retour

Raster en sortie contenant les valeurs de cellule extraites du raster en entrée.

Raster en entrée à partir duquel les cellules seront extraites.

Un polygone (ou des polygones) qui définit la zone du raster en entrée à extraire.

Chaque partie de polygone est une liste de sommets définis par des classes de points. Les points sont spécifiés sous forme de paires de coordonnées x,y dans les mêmes unités cartographiques que le raster en entrée.

La forme de l'objet pour un seul polygone est la suivante :

Facultativement, un groupe de plusieurs polygones peut être spécifié en utilisant une classe Polygon pour définir une liste de parties de polygone. Notez que pour ce faire, toutes les parties doivent être contiguës, et donc être englobées par une seule forme de périmètre. La forme de l'objet dans ce cas serait dans une liste contiguë comme suit :

Dans tous les cas, la dernière coordonnée de chaque partie de polygone doit être la même que la première afin de la fermer.

Identifie s'il faut extraire les cellules à l'intérieur ou à l'extérieur du polygone en entrée.

  • INSIDE — Un mot-clé spécifiant que seules les cellules à l'intérieur du polygone en entrée doivent être sélectionnées et écrites dans le raster en sortie. Toutes les cellules en dehors du polygone recevront des valeurs NoData sur le raster en sortie.
  • OUTSIDE — Un mot-clé spécifiant que les cellules à l'extérieur du polygone en entrée doivent être sélectionnées et écrites dans le raster en sortie. Toutes les cellules à l'intérieur du polygone recevront NoData.

Valeur de retour

Raster en sortie contenant les valeurs de cellule extraites du raster en entrée.

Exemple de code

Cet exemple extrait des cellules d'un raster en fonction des coordonnées de polygone définies.

Cet exemple extrait des cellules d'un raster en fonction des coordonnées de polygone définies.


Les lignes et les objets polygonaux ont la même étendue. L'étendue de l'objet points est plus petite dans la direction verticale que les deux autres car il n'y a pas de points sur la ligne à y = 8.

Résolution

Une résolution d'un raster représente la zone au sol que chaque pixel du raster couvre. L'image ci-dessous illustre l'effet des changements de résolution.

(Source : Réseau national des observatoires écologiques (NEON))


Jeudi 14 novembre 2013

Pleins feux sur les étudiants en télédétection

Classification d'images non supervisée

Résultats d'apprentissage des élèves :

  • Effectuer une classification non supervisée dans ArcMap et ERDAS
  • Classer avec précision des images de différentes résolutions spatiales et spectrales
  • Reclasser et recoder manuellement les images pour simplifier les données

Justin Coryell

À propos de Justin : Justin est originaire de l'Arizona, mais vit actuellement dans le Mississippi avec sa merveilleuse famille. Il est lieutenant-chef aérographe dans la Marine et y travaille depuis 15 ans. Un aérographe est un nom appliqué pour Weatherman, Chief est le grade. Outre le Mississippi, les lieux d'affectation de Justin ont été partout dans le monde à Yokosuka, au Japon, à Naples, en Italie et à San Diego, en Californie, ainsi que des déploiements en Caroline du Sud, dans le Pacifique occidental, dans l'océan Indien et dans le golfe Persique. Il a obtenu son baccalauréat de l'Université d'État du Mississippi en radiotélévision/météorologie opérationnelle en 2007 et voulait faire plus avec les SIG. Ainsi, Justin a rejoint le programme SIG de l'UWF en janvier 2013 et en a depuis aimé chaque minute. Bienvenue sous les projecteurs, Justin !

Ce qu'on aime : Dans le laboratoire de cette semaine, la reclassification et le recodage de Justin étaient exceptionnels.La combinaison de la description de Justin (a) du processus et de la technique de classification non supervisée, et de sa carte (b), qui était bien conçue et claire, a démontré son haut niveau de compréhension du matériel de la semaine sur les méthodes de classification d'images automatisées. Justin a également fourni une brève critique des classifications non supervisées, y compris (1) les limites de la classification non supervisée des valeurs spectrales pour distinguer chaque pixel en tant que classes de couverture perméables ou imperméables, et (2) les problèmes avec les valeurs de pixels de l'imagerie (par ex. ombres). Bien que la grande majorité des étudiants aient très bien réussi dans le laboratoire de cette semaine, la carte et la description de Justin fournissent la meilleure publication globale sur le blog.


Transcription de la présentation

Avertissements et Systèmes d'Information Géographique pour le National Service météorologique Ken Waters Scientifique régional Siège de la région du Pacifique Service météorologique national, Honolulu HI 13 juillet 2005 Silver Spring, MD

Équipe Polygone • Créé pour aider à déplacer le NWS des avertissements basés sur les comtés aux avertissements basés sur les polygones • Février 2004 : les régions se réunissent pour étudier cette question • Mars 2004 : les informations de la réunion sont présentées aux chefs MSD • Avril 2004 : le général Johnson demande au PR régional Le directeur Jeff LaDouce commandera une équipe d'avertissement de polygones • Juin 2004 : information sur la réunion présentée au comité des opérations • Juin 2004 : Équipe de polygones agréée • Août 2004 : Première réunion officielle de l'équipe de polygones • Sept. 2004 : Lancement de la sous-équipe de notation de vérification • Janv. 2005 : Présentation de l'AMS • Mars 2005 : Début du test du prototype • Septembre 2005 : Fin prévue du test du prototype du polygone MEMBRES DE L'ÉQUIPE : • Mike Looney, CRH (animateur) • Mike Coyne, MIC Huntsville MS • Steve Naglic, WCM WFO Columbia SC • Pete Wolf, SOO WFO Jacksonville FL • Jeff Lorens, WRH • Brent McAloney, OCWWS • Doug Young, OCWWS • Noreen Schwein, CRH • Joe Shaffer, SPC • Rich Okulski, OAA • Ken Waters, PRH Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Comté contre polygone • Points de latitude/longitude au bas de tous les TOR, SVR, FFW et SMW. Ken Waters, région du Pacifique NWS

Avantages du polygone Polygon élimine la zone faussement alarmée de Ken Waters, région du Pacifique NWS

Essai de prototype Ken Waters, région du Pacifique NWS

Défis d'équipe de polygone • Problèmes logiciels • Préoccupations liées à la charge de travail • Vérification • Diffusion Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Jackson MS 5-7 avril « Procès par le feu » Ken Waters, région du Pacifique NWS

Exemple : FFW publié le 10 juillet 2005 (restes de Hurr. Dennis) 10 comtés mis en garde dans le centre-ouest de l'Alabama --- aboutit à 25 sommets en raison de Warngen limitant les frontières aux frontières politiques des comtés ! Ken Waters, région du Pacifique NWS

Exemple : FFW publié le 10 juillet 2005 (restes de Hurr. Dennis) L'utilisation de la méthode des polygones réduit la définition à seulement 5 sommets, couvre en grande partie la même circonscription et permet au prévisionniste beaucoup plus de flexibilité pour avertir de la zone où l'aléa est attendu --- plutôt que pour les limites des comtés. Ken Waters, région du Pacifique NWS

Un autre exemple --- Warngen simplifiant le polygone en comté Avertissement de tornade aux limites émis pour Dent Co. MO Que se passe-t-il si la tornade traverse comme…. Ken Waters, région du Pacifique NWS

Une autre étude de cas intéressante, 30 mai 2004 30/2314Z: Le prévisionniste WFO St. Louis a émis un avertissement de tornade pour Washington Co. IL, conformant le polygone à "plus ou moins" la forme du comté 30/2319Z: WFO Paducah a émis un avertissement de tornade pour Perry Co. IL voisin 30/2330Z : Atterrissage de tornade confirmé à Dubois, Comté de Washington, IL L'ironie de tout cela ? : En utilisant des polygones tels qu'ils ont été émis par les WFO, cet événement n'a pas été signalé ! En utilisant la vérification du comté hérité, WFO St. Louis a mis en garde pour l'événement. Ken Waters, région du Pacifique NWS

Maintenant que j'ai votre attention... Parlons un peu du SIG et de la façon dont il peut être lié au service météorologique national……. Ken Waters, région du Pacifique NWS

Qu'est-ce qu'un SIG ? • Système d'information géographique • DÉFINITION : Une collection organisée de matériel informatique, de logiciels, de données géographiques et de personnel conçu pour capturer, stocker, mettre à jour, manipuler, analyser et afficher efficacement toutes les formes d'informations référencées géographiquement Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Données SIG • Collection de : • Points • Observations de surface • Lignes • Trajectoires d'ouragan • Trajectoires de tornade • Polygones • Avertissements de fusée courte (TOR, SVR, FFW, SMW) • Veilles (SPC Outline) • Autres veilles/avertissements utilisant des polygones préexistants tels que le comté contours • Objets tridimensionnels • Bassins fluviaux volumétriques Ken Waters, NWS Pacific Region

Formats de données SIG • La norme la plus couramment utilisée est le « shapefile » ESRI, qui est largement pris en charge dans l'ensemble de l'industrie. • Chaque fichier de formes (également appelé thème ou couche) est composé d'au moins trois composants de fichier qui décrivent les coordonnées géographiques (latitude/longitude) et les attributs de données qui composent chaque forme Ken Waters, NWS Pacific Region

Logiciel SIG • Bureau • ESRI ArcGIS • ESRI ArcView • MapDesk • Domaine public : GRASS • Serveur • ESRI ArcIMS • ESRI ArcGIS Server • Domaine public : UMinn Mapserver • Logiciel non SIG • AWIPS (utilise des fichiers de formes) Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Données NWS • Utilise des formats qui ne sont pas familiers aux utilisateurs de SIG : • OMM GRIB1 & 2 • Grilles NDFD • Modèles NCEP • WMO Binary Universal Form for the Representation (BUFR) of Meteorological data • Sondages etc. • Level II & Level III radar • Format binaire unique dans format radial autour d'une même station TOUS sont déjà géoréférencés ! Ken Waters, région du Pacifique NWS

Convergence Recherche de moyens de fusionner les données hydrométéorologiques avec le SIG • Convertir les ensembles de données NWS en formats géoréférencés et compatibles avec les SIG • Diffuser les données NWS à l'aide d'une structure SIG telle que les systèmes de cartographie Internet Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Un exemple… • Conversion de polygones d'avertissement en fichiers de données SIG/géoréférencés Ken Waters, NWS Pacific Region

Archivage des avertissements NWS à fusion courte depuis la mi-2003. Conversion des polygones alors peu utilisés au bas des avertissements en ensembles de données SIG à l'aide d'AWIPS et d'outils logiciels gratuits Des modèles intéressants en résultent, en particulier lorsque les ensembles d'avertissements sont affichés au fil du temps… Ken Waters, NWS Pacific Region

Étape 1 : Capturez les points du polygone • Mettre en place un mécanisme de « déclenchement » dans AWIPS pour capturer tous les avertissements à court terme : • TOR – avertissements de tornade • SVR – avertissements d'orages violents • FFW – avertissements de crues éclair • SMW – avertissements maritimes spéciaux Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Étape 2 : Analyser le texte d'avertissement Extrayez toutes les informations nécessaires : Heure d'émission Heure d'expiration UGC Ligne VTEC ….et….bien sûr… …les sommets des polygones Ken Waters, NWS Pacific Region

Étape 3 : À intervalles réguliers, mettez à jour le « fichier plat » base de données • Utilisation uniquement de logiciels open source (« freeware ») • Code écrit en Perl • Valeurs de polygone formatées au format ESRI « gen » • Le format « gen » est un format ASCII courant que les produits ESRI peuvent convertir vers/depuis à l'aide de scripts • Rechercher de nouveaux avertissements chaque minute – et vérifiez également les avertissements expirés chaque minute Ken Waters, NWS Pacific Region

Étape 4 : Convertir le format « gen » en shapefile standard format Ken Waters, région du Pacifique NWS

La base de données à long terme peut ensuite être utilisée de diverses manières pour fournir une post-analyse et rechercher des tendances (à la fois liées aux conditions météorologiques et aux politiques) • Exemples : • Zone du polygone (zones averties) • Études de vérification (par exemple, comparer le LSR avec les avertissements • Fournir des résumés des saisons de tempête Ken Waters , Région du Pacifique NWS

Exemples – Avertissements de tornade 2004 Ken Waters, région du Pacifique NWS

Exemples – Alertes d'orages violents 2004 Ken Waters, région du Pacifique NWS

Exemples – Avertissements de crues éclair en 2004 Ken Waters, région du Pacifique NWS

Avertissements maritimes spéciaux Ken Waters, région du Pacifique NWS

Conversion des données LSR en fichiers de formes SIG RAPPORTS DE TORNADES Jan-Juin 2005 Notez la rareté remarquable des rapports de tornades confirmés pour 2005 ! Ken Waters, région du Pacifique NWS

…contrairement à…. Un jour remarquable, le 30 mai 2004, lorsque des conditions météorologiques extrêmes ont éclaté du Texas à l'Iowa jusqu'aux Carolines Ken Waters, région du Pacifique NWS

Le SIG permet une analyse interactive telle que la superposition de polygones Avertissements avec rapports de tempête Ken Waters, région du Pacifique NWS

Conversion des données LSR en fichiers de formes SIG RAPPORTS GRELE Jan-Juin 2005 Ken Waters, NWS Région Pacifique

Conversion des données LSR en fichiers de formes SIG RAPPORTS SUR LES VENTS Jan-Juin 2005 Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Flash Flood Warningsle plus « basé sur le comté » des quatre types d'avertissement de fusible court Ken Waters, région du Pacifique NWS

Applications pour afficher les avertissements de polygone • Carte CONUS affichant les avertissements, mise à jour chaque minute : http://www.prh.noaa.gov/regsci/gis/ • Service cartographique ArcIMS pour la visualisation historique : http://www.prh.noaa.gov/regsci/gis/ • Site Texas A&M (avertissements + radar) : http://www.prh.noaa.gov/regsci/gis/warn.html • Iowa Mesonet : http://mesonet.agron.iastate.edu/GIS/apps/rview /warnings.phtml • Nouveau site NWS RIDGE : http://www.srh.noaa.gov/RIDGE Ken Waters, NWS Région Pacifique

Carte ArcIMS Servicehttp://www.prh.noaa.gov/regsci/gis/warn.html Ken Waters, région du Pacifique NWS

Inclut les données LSR de SPC Ken Waters, région du Pacifique NWS

Environnement de l'Iowa Mesonethttp://mesonet.agron.iastate.edu/GIS/apps/rview/warnings.phtml Ken Waters, NWS Région du Pacifique

Nouveau site RIDGE (hébergé sur le serveur SRH) Utilise la technologie Web pour « simuler » un serveur de cartes Internet Permet plusieurs produits radar différents (y compris SRM) au-dessus de la topographie ombragée, des routes, des comtés, des rivières Comprend la possibilité d'animer et de zoomer … et … une superposition des avertissements actifs en vigueur à l'heure de l'image radar Ken Waters, NWS Pacific Region

Où allons-nous à partir d'ici…. • Regardez un nouveau type de radio All Hazards • Concentrez-vous sur des points dans l'espace plutôt que sur des pays géopolitiques • La radio fixe pourrait être programmée avec l'emplacement (soit latitude/longitude, soit par rapport à la grande ville [par exemple, 20 mi NW de Houston] • Les radios mobiles (y compris les téléphones portables, les PDA, les radios tous risques dans les voitures, les bus, les trains) pourraient être localisées à l'aide des unités GPS désormais plus courantes Ken Waters, NWS Pacific Region

Nouveau concept de radio NOAA Avertissement émis pour les comtés d'Okmulgee et de McIntosh. Les nouveaux NWR utilisent la latitude/longitude (ou la ville) plutôt que le code du comté/SAME. Les résidents de Checotah ne seront pas alertés, mais les résidents de Stidham le sont, même si les deux se trouvent dans le comté de McIntosh. Les téléphones portables/voitures compatibles GPS circulant sur l'I-40 dans le polygone seraient également alertés. Ken Waters, région du Pacifique NWS

Où allons-nous à partir d'ici…. • Techniques SIG automatisées • Facilite grandement la vérification • Fournit plus de statistiques (par exemple, combien de personnes ont été averties avec chaque avertissement en se connectant aux bases de données de population) • Possibilités de diffusion Web plus robustes --- y compris la possibilité de fournir des informations personnalisées en fonction des critères de l'utilisateur • UN AVERTISSEMENT : il faut prendre soin de tenir compte des préoccupations du secteur privé ici, car certaines entreprises empruntent également cette route Ken Waters, NWS Pacific Region

Opportunités du secteur privé Pourquoi ne pas travailler AVEC le secteur privé. Certaines entreprises du secteur privé approuvent déjà fortement les méthodes d'avertissement de polygone Ken Waters, NWS Pacific Region

Pourquoi SIG….? • Compatibilité avec de nombreuses autres agences publiques, privées et gouvernementales qui utilisent déjà des données SIG pour leur travail et leur analyse • Le SIG a de grandes capacités d'analyse… capable de faire des analyses « et si » et de rechercher des tendances • En utilisant des avertissements de polygone, nous pouvons fournir un meilleur service en mettant en évidence où se trouve la menace réelle sans se soucier des frontières géopolitiques 4. UN MEILLEUR SERVICE À NOTRE PUBLIC ! Ken Waters, région du Pacifique NWS


Recadrer un raster à l'aide de l'étendue vectorielle

Nous pouvons utiliser la fonction crop() pour recadrer un raster dans l'étendue d'un autre objet spatial. Pour ce faire, nous devons spécifier le raster à recadrer et l'objet spatial qui sera utilisé pour recadrer le raster. R utilisera l'étendue de l'objet spatial comme limite de recadrage.

Pour illustrer cela, nous allons recadrer le Canopy Height Model (CHM) pour n'inclure que la zone d'intérêt (AOI). Commençons par tracer l'étendue complète des données CHM et superposons où l'AOI s'y trouve. Les limites de l'AOI seront colorées en bleu et nous utilisons fill = NA pour rendre la zone transparente.

Maintenant que nous avons visualisé la zone du CHM que nous voulons sous-ensemble, nous pouvons effectuer l'opération de recadrage. Nous allons utiliser la fonction crop() du package raster pour créer un nouvel objet avec uniquement la partie des données CHM qui se situe dans les limites de l'AOI.

Nous pouvons maintenant tracer les données CHM rognées, ainsi qu'une zone de délimitation montrant l'étendue complète du CHM. Cependant, rappelez-vous, puisqu'il s'agit de données raster, nous devons convertir en un bloc de données afin de tracer à l'aide de ggplot . Pour obtenir la boîte de limite de CHM, le st_bbox() extraira les 4 coins du rectangle qui englobent toutes les fonctionnalités contenues dans cet objet. Le st_as_sfc() convertit ces 4 coordonnées en un polygone que nous pouvons tracer :

Le graphique ci-dessus montre que l'étendue complète du CHM (tracée en vert) est beaucoup plus grande que le raster rogné résultant. Notre nouveau CHM rogné a maintenant la même étendue que l'objet aoi_boundary_HARV qui a été utilisé comme étendue de rognage (bordure bleue ci-dessous).

Nous pouvons regarder l'étendue de tous nos autres objets pour ce site de terrain.


Extraire des données raster en fonction des attributs d'un polygone - Systèmes d'information géographique

Lorsque le phénomène géographique n'est pas présent partout dans la zone d'étude, mais qu'il le peuple d'une manière ou d'une autre « éparse », nous le regardons en termes d'objets géographiques. De tels objets sont généralement facilement distingués et nommés. Leur position dans l'espace est déterminée par une combinaison d'un ou plusieurs des paramètres suivants :

orientation (dans quelle direction fait-il face ?).

Plusieurs tentatives ont été faites pour définir une taxonomie des types d'objets géographiques. La dimension est un aspect important du paramètre de forme. Il répond à la question de savoir si un objet est perçu comme une caractéristique ponctuelle, une caractéristique linéaire, surfacique ou volumique.

La façon dont nous voulons utiliser les informations sur un objet géographique détermine lequel des quatre paramètres ci-dessus est requis pour le représenter. Par exemple, dans un système de navigation automobile, tout ce qui compte sur les objets géographiques comme les stations-service est l'endroit où ils se trouvent, et donc, l'emplacement suffit. La forme, la taille et l'orientation semblent être sans importance. Dans le même système, cependant, les routes sont des objets importants, et pour ceux-ci une notion d'emplacement (où commence-t-elle et où se termine-t-elle), de forme (combien de voies a-t-elle), de taille (jusqu'où peut-on voyager dessus) et d'orientation (dans quelle direction peut-on voyager dessus) semblent être des éléments d'information pertinents.

La forme est généralement importante car l'un de ses facteurs est la dimension : les objets sont-ils intrinsèquement considérés comme étant de zéro, une, deux ou trois dimensions ? Les stations-service mentionnées ci-dessus sont apparemment de dimension zéro, c'est-à-dire qu'elles sont perçues comme des points dans l'espace, les routes sont unidimensionnelles, car elles sont considérées comme des lignes dans l'espace. Dans une autre utilisation des informations routières - par exemple, dans les systèmes de cadastre polyvalents où l'emplacement précis des égouts et des regards de visite est important - les routes pourraient bien être considérées comme des entités bidimensionnelles, c'est-à-dire des zones à l'intérieur desquelles un regard d'égout peut tomber.

Nous n'étudions généralement pas les objets géographiques isolément, mais des collections entières d'objets considérés comme une unité. Ces collections d'objets peuvent également avoir des caractéristiques géographiques spécifiques. La plupart des collections d'objets géographiques les plus intéressantes obéissent à certaines lois naturelles. Le plus courant (et évident) d'entre eux est que différents objets n'occupent pas le même emplacement. Ceci vaut, par exemple, pour

la collecte des stations-service dans un système de navigation automobile,

la collection de routes dans ce système,

la collecte des parcelles dans un système cadastral,

Limites

Lorsque la forme et/ou la taille des zones contiguës sont importantes, la notion de frontière entre en jeu. Ceci est vrai pour les objets géographiques mais aussi pour les constituants d'un champ géographique discret. L'emplacement, la forme et la taille sont entièrement déterminés si nous connaissons la limite d'une zone, la limite est donc un bon candidat pour la représenter. Cela est particulièrement vrai pour les zones qui ont des limites naturellement nettes. Une limite nette est une limite qui peut être déterminée avec une précision presque arbitraire, dépendant uniquement de la technique d'acquisition de données appliquée. Les frontières floues contrastent avec les frontières nettes en ce que la frontière n'est pas une ligne précise, mais plutôt elle-même une zone de transition.

En règle générale, encore une fois, les frontières nettes sont plus courantes dans les phénomènes artificiels, tandis que les frontières floues sont plus courantes dans les phénomènes naturels. Ces dernières années, divers efforts de recherche ont abordé la question du traitement explicite des limites floues, mais dans l'utilisation quotidienne des SIG, ces techniques ne sont ni souvent prises en charge, ni souvent nécessaires.

Représentations informatiques de l'information géographique

Jusqu'à présent, nous n'avons pas du tout discuté de la façon dont la géoinformation, comme les champs et les objets, est représentée dans un ordinateur. Il faut au moins comprendre un peu les représentations informatiques pour mieux comprendre ce que le système fait avec les données, et aussi ce qu'il ne peut pas en faire. Dans ce qui précède, nous avons vu que divers phénomènes géographiques ont les caractéristiques de fonctions continues sur des domaines de l'espace géométriquement limités mais infinis (figure 9.6).

9.6. ábra - Figure 9.6 : Modèle de données SIG : Représentation

L'altitude, par exemple, peut être mesurée à de nombreux emplacements arbitraires, même dans la cour arrière, et chaque emplacement peut donner une valeur différente. Lorsqu'on veut représenter fidèlement un tel phénomène dans la mémoire d'un ordinateur, on pourrait soit :

essayez de stocker autant de paires (emplacement, altitude) que possible, ou

essayez de trouver une représentation symbolique de la fonction d'élévation, sous la forme d'une formule en x et y - comme (3,0678x2 + 20,08x - 7,34y) environ - qui après évaluation nous donnera la valeur d'élévation à un (x, y) donné .

Les deux approches ont leurs inconvénients. Le premier souffre du fait que nous ne pourrons jamais stocker toutes les valeurs d'altitude pour tous les emplacements après tout, il existe une infinité d'emplacements. La deuxième approche souffre du fait que nous n'avons aucune idée de ce que devrait être une telle fonction, ni comment la dériver, et il est probable que pour des zones plus vastes, ce sera une fonction extrêmement compliquée.

Dans les SIG, une combinaison des deux approches est généralement utilisée. Nous stockons un ensemble fini, mais intelligemment choisi d'emplacements avec leur élévation. Cela nous donne l'altitude pour ces emplacements stockés, mais pas pour les autres. Par conséquent, les valeurs stockées sont associées à une fonction d'interpolation qui permet de déduire une valeur d'élévation raisonnable pour les emplacements qui ne sont pas stockés. Le principe sous-jacent s'appelle l'autocorrélation spatiale : les emplacements qui sont proches sont plus susceptibles d'avoir des valeurs similaires que les emplacements qui sont éloignés les uns des autres.

Les objets linéaires, soit par eux-mêmes soit dans leur rôle de limites d'objets de région, sont un autre exemple courant de phénomènes continus qui doivent être représentés de manière finie. Dans la vraie vie, ces objets ne sont généralement pas droits et souvent courbés de manière erratique. Une célèbre question paradoxale est de savoir si l'on peut réellement mesurer la longueur du littoral de la Grande-Bretagne. peut-on mesurer autour de rochers, de cailloux ou même de grains de sable ? Dans un ordinateur, de telles caractéristiques curvilignes aléatoires ne peuvent jamais être entièrement représentées.

Il faut donc observer que les phénomènes aux caractéristiques intrinsèques continues et/ou infinies doivent être représentés avec des moyens finis (mémoire informatique) pour la manipulation informatique, et que tout schéma de représentation fini qui force un regard discret sur le continu qu'il représente est ouvert à des erreurs d'interprétation.

Dans les SIG, les champs sont généralement implémentés avec une approche de tessellation et les objets avec une approche vectorielle (topologique). Ceci, cependant, n'est pas une règle absolue, car la pratique exige parfois le contraire (Figure 9.7).

9.7. ábra - Figure 9.7 : Raster – Représentation vectorielle

Tessellations régulières

Un pavage (ou pavage) est une partition de l'espace en cellules mutuellement exclusives qui forment ensemble l'espace d'étude complet. A chaque cellule, une valeur (thématique) est associée pour caractériser cette partie de l'espace. Dans un pavage régulier, les cellules ont la même forme et la même taille.

Toutes les tessellations régulières ont en commun que les cellules ont la même forme et la même taille, et que la valeur d'attribut de champ attribuée à une cellule est associée à toute la zone occupée par la cellule. Le pavage à cellules carrées est de loin le plus couramment utilisé, principalement parce que le géoréférencement d'une cellule est si simple. Les pavages carrés et réguliers sont connus sous divers noms dans différents packages SIG : raster ou carte raster. La taille de la zone représentée par une cellule raster est appelée résolution du raster . Parfois, le mot grille est également utilisé, mais à proprement parler, une grille est une collection de points également espacés, qui ont tous une valeur d'attribut attribuée. Ils sont souvent utilisés pour des mesures discrètes qui se produisent à intervalles réguliers. Les points de grille sont souvent considérés comme synonymes de cellules raster.

Notre approximation finie de l'espace d'étude conduit à certaines formes d'interpolation qui doivent être traitées. La valeur du champ d'une cellule peut être interprétée comme une pour la cellule de tessellation complète, auquel cas le champ est discret, non continu ou même différentiable. Une certaine convention est nécessaire pour indiquer quelle valeur prévaut sur les limites des cellules avec des cellules carrées, cette convention dit souvent que les limites inférieures et gauches appartiennent à la cellule. Pour améliorer ce problème de continuité, nous pouvons faire deux choses :

réduire la taille des cellules, de manière à réduire les « écarts de continuité » entre les cellules, et/ou

supposer qu'une valeur de cellule ne représente que l'altitude d'un emplacement spécifique dans la cellule et fournir une bonne fonction d'interpolation pour tous les autres emplacements qui ont la caractéristique de continuité.

Habituellement, si l'on veut utiliser des rasters pour la représentation de champ continu, on fait le premier mais pas le second. La deuxième technique est généralement considérée comme trop coûteuse en calcul pour les grands rasters.

L'emplacement associé à une cellule raster est fixé par convention et peut être le centroïde de la cellule (milieu) ou, par exemple, son coin inférieur gauche. Les valeurs pour d'autres positions que celles-ci doivent être calculées via une certaine forme de fonction d'interpolation, qui utilisera une ou plusieurs valeurs de champ proches pour calculer la valeur à la position demandée. Cela permet de représenter des fonctions continues, voire dérivables.

Un avantage important des pavages réguliers est que nous savons a priori comment ils partitionnent l'espace, et nous pouvons rendre nos calculs spécifiques à ce partitionnement. Cela conduit à des algorithmes rapides. Un inconvénient évident est qu'ils ne s'adaptent pas au phénomène spatial que nous voulons représenter. Les limites des cellules sont à la fois artificielles et fixes : elles peuvent coïncider ou non avec les limites du phénomène d'intérêt.

L'adaptabilité au phénomène à représenter peut s'avérer payante. Supposons que nous utilisions l'une des tessellations régulières ci-dessus pour représenter l'élévation dans une zone parfaitement plane. Ensuite, il faut clairement autant de cellules que dans un terrain fortement vallonné : la structure des données ne s'adapte pas au manque de relief. Nous utiliserions, par exemple, toujours les cellules m × n pour le raster, bien que l'altitude puisse être de 1500 m au-dessus du niveau de la mer partout.

Pavages irréguliers

Ci-dessus, nous avons discuté du fait que les pavages réguliers fournissent des structures simples avec des algorithmes simples, qui ne sont cependant pas adaptatifs aux phénomènes qu'ils représentent. C'est pourquoi un effort substantiel a également été mis sur les pavages irréguliers. Encore une fois, ce sont des partitions de l'espace en cellules mutuellement disjointes, mais maintenant les cellules peuvent varier en taille et en forme, leur permettant de s'adapter aux phénomènes spatiaux qu'elles représentent. Nous discutons ici d'un seul type, à savoir la région quadtree, mais nous soulignons que de nombreuses autres structures ont été proposées dans la littérature et ont également été implémentées.

Les tessellations irrégulières sont plus complexes que les régulières, mais elles sont également plus adaptatives, ce qui entraîne généralement une réduction de la quantité de mémoire utilisée pour stocker les données.

Une structure de données bien connue dans cette famille - sur laquelle de nombreuses autres variantes ont été basées - est la région quadtree. Il est basé sur une tessellation régulière de cellules carrées, mais tire parti des cas où des cellules voisines ont la même valeur de champ, de sorte qu'elles puissent être représentées ensemble comme une seule cellule plus grande. Le quadtree qui représente ce raster est construit en divisant à plusieurs reprises la zone en quatre quadrants, appelés NW, NE, SE, SW pour des raisons évidentes. Cette procédure s'arrête lorsque toutes les cellules d'un quadrant ont la même valeur de champ. La procédure produit une structure arborescente à l'envers, connue sous le nom de quadtree. Dans la mémoire principale, les nœuds d'un quadtree sont représentés sous forme d'enregistrements. Les liens u entre eux sont des pointeurs, une technique de programmation pour adresser (c'est-à-dire pour pointer vers) d'autres enregistrements.

Représentations vectorielles

En résumé de ce qui précède, nous pouvons dire que les pavages découpent l'espace d'étude en cellules et attribuent une valeur à chaque cellule. Un raster est un pavage régulier avec des cellules carrées, et c'est de loin le plus couramment utilisé. La façon dont l'espace d'étude est découpé est (dans une certaine mesure) arbitraire, ce qui signifie que les limites des cellules n'ont généralement aucune incidence sur les phénomènes du monde réel qui sont représentés.

Dans les représentations vectorielles, on tente d'associer explicitement les géoréférences aux phénomènes géographiques. Une géoréférence est une paire de coordonnées d'un espace géographique, et est également connue sous le nom de vecteur. Cela explique le nom. Nous verrons un certain nombre d'exemples ci-dessous.

Notez que les pavages ne stockent pas explicitement les géoréférences des phénomènes qu'ils représentent. Au lieu de cela, ils peuvent fournir une géoréférence du coin inférieur gauche du raster, par exemple, plus un indicateur de la résolution du raster, fournissant ainsi implicitement des géoréférences pour toutes les cellules du raster.

Ci-dessous, nous discutons de diverses représentations vectorielles. Nous commençons par notre discussion avec le TIN, une représentation des champs géographiques qui peut être considérée comme un hybride entre les pavages et les représentations vectorielles.

Les points sont définis comme des paires de coordonnées simples (x, y) lorsque nous travaillons en 2D ou des triplets de coordonnées (x, y, z) lorsque nous travaillons en 3D. Les points sont utilisés pour représenter des objets qui sont mieux décrits comme des entités à localité unique, sans forme et sans taille. Que ce soit le cas dépend vraiment des finalités de l'application spatiale et aussi de l'étendue spatiale des objets par rapport à l'échelle appliquée dans l'application. Pour un plan de ville touristique, les parcs ne seront généralement pas considérés comme des éléments ponctuels, mais peut-être que les musées le seront, et les cabines téléphoniques publiques pourraient certainement être représentées comme des éléments ponctuels.

Outre la géoréférence, des données supplémentaires sont généralement stockées pour chaque objet ponctuel. Ces données dites administratives ou thématiques peuvent saisir tout ce qui est considéré comme pertinent sur l'objet. Pour les objets de cabine téléphonique, cela peut inclure la compagnie de téléphone propriétaire, le numéro de téléphone, les dernières données desservies, etc.

Les données de ligne sont utilisées pour représenter des objets unidimensionnels tels que des routes, des voies ferrées, des canaux, des rivières et des lignes électriques. Encore une fois, il y a un problème de pertinence pour l'application et l'échelle requise par l'application. Pour l'exemple d'application de la cartographie des informations touristiques, les itinéraires de bus, de métro et de tramway sont susceptibles d'être des éléments de ligne pertinents. Certains systèmes cadastraux, en revanche, peuvent considérer les routes comme des caractéristiques bidimensionnelles, c'est-à-dire ayant également une largeur. Les caractéristiques curvilignes arbitraires et continues sont tout aussi difficiles à représenter sous forme de champs continus.Les SIG se rapprochent donc de ces caractéristiques (définitivement !) comme des listes de nœuds. Les deux nœuds d'extrémité et zéro ou plusieurs nœuds internes définissent une ligne. Un autre mot pour le nœud interne est sommet (pluriel : sommets) une autre expression pour ligne qui est utilisée dans certains SIG est polyligne, arc ou bord. Un nœud ou un sommet est comme un point (comme discuté ci-dessus) mais il ne sert qu'à définir la ligne, il n'a pas de signification particulière pour l'application autre que cela.

Les sommets d'une ligne aident à la façonner et à obtenir une meilleure approximation de l'entité réelle. Les parties droites d'une ligne entre deux sommets ou nœuds d'extrémité consécutifs sont appelées segments de ligne. De nombreux SIG stockent une ligne sous la forme d'une simple séquence de coordonnées de ses nœuds et sommets d'extrémité, en supposant que tous ses segments sont droits. C'est généralement suffisant, car les cas dans lesquels un seul segment de ligne droite est considéré comme une représentation insatisfaisante peuvent être traités en utilisant plusieurs segments de ligne (plus petits) au lieu d'un seul.

Pourtant, il existe des cas dans lesquels nous aimerions avoir la possibilité d'utiliser des caractéristiques curvilignes arbitraires comme représentation de phénomènes du monde réel. Pensez à l'aménagement de jardins avec des pelouses circulaires ou elliptiques parfaites, ou à des cartes topographiques détaillées représentant les ronds-points et les trottoirs annexes.

Lorsque les objets surfaciques sont stockés à l'aide d'une approche vectorielle, la technique habituelle consiste à appliquer un modèle de frontière. Cela signifie que chaque entité surfacique est représentée par une structure arc/nœud qui détermine un polygone comme limite de la zone. Le bon sens veut que les entités surfaciques du même type soient mieux stockées dans une seule couche de données, représentée par des polygones qui ne se chevauchent pas mutuellement. Essentiellement, nous obtenons alors une partition de l'espace déterminée par l'application (c'est-à-dire adaptative), similaire à, mais pas tout à fait comme, une tessellation irrégulière de l'approche raster.

Observez qu'une représentation polygonale d'un objet surfacique est un autre exemple d'approximation finie d'un phénomène qui peut intrinsèquement avoir une limite curviligne. Dans le cas où l'objet peut être perçu comme ayant une frontière floue, un polygone est une approximation encore pire, bien que potentiellement la seule possible.

Une représentation simple mais native des entités surfaciques consisterait à répertorier pour chaque polygone simplement la liste des lignes décrivant sa limite. Chaque ligne de la liste serait, comme auparavant, une séquence commençant par un nœud et se terminant par un, éventuellement avec des sommets entre les deux. Mais c'est loin d'être optimal.


Extraire des données raster en fonction des attributs d'un polygone - Systèmes d'information géographique

. 9 Animaux et produits d'origine animale 1 2010-01-01 2010-01-01 false Mouvements interétatiques d'oiseaux morts et. (FIN) § 82.6 Mouvement interétatique d'oiseaux morts et de volailles mortes à partir d'une zone de quarantaine. (a) Sauf dans les cas prévus au paragraphe (b) de la présente section pour les carcasses habillées, les oiseaux morts et les volailles mortes, y compris tout.

Wisbey, Ben Montgomery, Paul G Pyne, David B Rattray, Ben

Liu, Fumio Kawakami, Michiyuki Tamura, Kimimasa Taki, Yoshihito Shimizu, Katsumi Otsuka, Tomoyoshi Tsuji, Tetsuya Miyata, Chieko Tashiro, Syoichi Wada, Ayako Mizuno, Katsuhiro Aoki, Yoshimitsu Liu, Meigen

Une méthode objective pour évaluer le mouvement thoraco-abdominal est nécessaire dans la pratique clinique quotidienne pour détecter les patients à risque d'hypoventilation et permettre des interventions rapides dans les maladies neuromusculaires. La faisabilité clinique, la fiabilité et la validité d'une nouvelle méthode de quantification des mouvements respiratoires à l'aide de capteurs à réseau de fibres, appelée Respiratory Movement Evaluation Tool (RMET), ont été évaluées. Le temps nécessaire pour mesurer le mouvement respiratoire et la facilité d'utilisation de la mesure ont été déterminés par 5 cliniciens à l'aide du questionnaire Québec User Evaluation of Satisfaction with Assistive Technology (QUEST) 2.0. Le mouvement thoraco-abdominal a été mesuré à l'aide du RMET 3 fois chez 10 sujets sains pour évaluer les coefficients de corrélation intraclasse (ICC). Les sujets ont été encouragés à respirer 10 fois tout en modifiant volontairement la quantité d'air pendant la ventilation simultanément avec le RMET et un spiromètre, et leurs corrélations ont été évaluées pour tester la validité en utilisant les coefficients de corrélation produit-moment de Pearson. Les mêmes mesures ont également été réalisées chez 10 sujets atteints de dystrophie musculaire de Duchenne. Des enregistrements en temps réel des mouvements thoraco-abdominaux ont été obtenus sur un temps moyen de 374 ± 23,9 s. Avec QUEST 2.0, le score médian de chaque item dépassait 3 (plus ou moins satisfait). Chez les sujets sains, l'ICC(1,1) variait de 0,82 à 0,99 et l'ICC(2,1) variait de 0,83 à 0,97. Des corrélations significatives ont été observées entre les amplitudes respiratoires mesurées avec le RMET, et la quantité d'air pendant la ventilation a été mesurée avec un spiromètre (r = 0,995, P quantifiant le mouvement respiratoire appelé RMET qu'il était possible d'utiliser au quotidien

Knowlton, Jessie L. Flaspohler, David J. Paxton, Eben H. Fukami, Tadashi Giardina, Christian P. Gruner, Daniel S. Wilson Rankin, Erin E.

Les animaux augmentent souvent leur fitness en se déplaçant dans l'espace en réponse à la variation temporelle de la qualité de l'habitat et de la disponibilité des ressources, et à la suite d'interactions intra et interspécifiques. La persistance à long terme des populations et même des espèces entières dépend des schémas collectifs des déplacements individuels, pourtant les déplacements des animaux ont été peu étudiés au niveau du paysage. Nous avons quantifié le comportement de mouvement de quatre espèces indigènes d'oiseaux forestiers hawaïens dans un paysage complexe fragmenté de lave : Hawai‛i ‘amakihi Chlorodrepanis virens, ‘oma’o Myadestes obscurus, ‘apapane Himatione sanguinea et ‘i‘iwi Drepanis coccinea. Nous avons évalué l'importance relative de six moteurs potentiels intrinsèques et extrinsèques du comportement de mouvement et de la fidélité des parcelles : 1) la taille des fragments de forêt, 2) la présence ou l'absence de rats envahissants (Rattus sp.), 3) la saison, 4) les espèces, 5) âge et 6) sexe. L'étude a été menée dans un paysage de 34 fragments de forêt dont la taille varie de 0,07 à 12,37 ha, dont 16 ont eu des rats enlevés à l'aide d'un modèle de traitement-témoin. Nous avons trouvé les mouvements les plus importants chez les nectivores ‘apapane et ‘i‘iwi, des niveaux intermédiaires chez le généraliste Hawai‛i ‘amakihi, et le mouvement moyen le plus court pour le ‘oma’o, un frugivore. Nous avons trouvé des preuves d'une plus grande taille des patchs augmentant la fidélité des patchs uniquement dans le 'oma'o, et un effet de l'élimination des rats augmentant la fidélité des patchs de Hawai‛i 'amakihi seulement après deux ans d'élimination des rats. Un plus grand mouvement pendant la saison de non-reproduction a été observé chez toutes les espèces, et la saison a été un facteur important pour expliquer une plus grande fidélité des parcelles pendant la saison de reproduction pour 'apapane et 'i'iwi. Le sexe était important pour expliquer la fidélité des patchs chez 'oma'o uniquement, les mâles montrant une fidélité des patchs plus élevée. Nos résultats fournissent de nouvelles informations sur la façon dont ces espèces hawaïennes indigènes réagiront à un environnement changeant, y compris la fragmentation de l'habitat et la répartition changeante des menaces climatiques.

Le mouvement Quantified Self (QS) est un effort mondial croissant pour utiliser les nouvelles technologies mobiles et portables pour obtenir automatiquement des données personnelles sur les activités quotidiennes. L'infrastructure sociale et matérielle associée au mouvement Quantified Self (QS) fournit un certain nombre d'idées que les technologues en éducation devraient envisager d'intégrer…

Wade, Amy S. I. Barov, Boris Burfield, Ian J. Gregory, Richard D. Norris, Ken Butler, Simon J.

Les impacts écologiques de l'évolution des pratiques de gestion forestière en Europe sont mal compris malgré le fait que les forêts européennes soient fortement gérées. De plus, les effets des moteurs potentiels du déclin de la biodiversité forestière sont rarement considérés de manière concertée, limitant ainsi une conservation efficace ou une gestion durable des forêts. Nous présentons un cadre basé sur les traits que nous utilisons pour évaluer l'impact négatif de multiples changements d'utilisation des terres et de gestion des forêts sur les populations d'oiseaux à travers l'Europe. Des changements majeurs dans les habitats forestiers survenus au cours des dernières décennies et leur impact sur la disponibilité des ressources pour les oiseaux ont été identifiés. Le risque associé à ces changements pour 52 espèces d'oiseaux forestiers, défini comme la proportion des ressources clés de chaque espèce négativement affectée par des changements d'abondance et/ou de disponibilité, a été quantifié et comparé à leurs taux de croissance de population paneuropéens entre 1980 et 2009. Les relations entre le risque et la croissance de la population se sont avérées significativement négatives, ce qui indique que la perte de ressources dans les forêts européennes est un important facteur de déclin pour les oiseaux résidents et migrateurs . Nos résultats démontrent que la quantification grossière de l'utilisation des ressources et du changement écologique peut être utile pour comprendre les causes du déclin de la biodiversité, et donc pour éclairer la stratégie et la politique de conservation. Une telle approche a un bon potentiel pour être étendue à une utilisation prédictive dans l'évaluation de l'impact de possibles changements futurs à la gestion forestière et pour développer des indicateurs plus précis de la santé des forêts. PMID : 23704997

Korschgen, C.E. Green, W.L. Seasholtz, R.G.

La conception et le fonctionnement d'un système de détection laser pour les oiseaux migrateurs sont présentés. Un laser de classe III alimenté par batterie (fonctionnant à 904 nm, taux de répétition des impulsions 5 kHz, durée d'impulsion 100 nsec et puissance de crête 25 W) et un récepteur photodiode sont montés sur des poteaux à une hauteur de 10 m et une distance de 850 m et équipés avec des lentilles de collimation de 135 mm f/2,8, le diamètre du faisceau au niveau du récepteur est de 1,7 m. Le système contrôlé par microprocesseur détecte le passage d'un objet aussi petit que 30 cm² de section transversale à une distance de 425 m.

Debinski, Diane M Vannimwegen, Ron E Jakubauskas, Mark E

Quantifier la manière dont les communautés écologiques réagissent pendant une période de diminution des précipitations est une première étape pour comprendre comment elles réagiront au changement climatique à plus long terme. Ici, nous avons couplé l'analyse de la variabilité interannuelle des données de télédétection avec des analyses des changements des communautés d'oiseaux et de papillons dans les communautés de prairies montagnardes de l'écosystème du Grand Yellowstone. L'imagerie satellite Landsat a été utilisée pour classer ces prairies en six types le long d'un gradient hydrologique. La partie nord de l'écosystème, ou région de Gallatin, a des parcelles moyennes plus petites séparées par des crêtes de montagnes, tandis que la partie sud de l'écosystème, ou région de Teton, a des parcelles beaucoup plus grandes dans la vallée de Jackson Hole. Les deux soutiennent une suite similaire d'espèces de papillons et d'oiseaux. La région de Gallatin présentait une variation globale plus importante d'une année à l'autre de l'indice de végétation par différence normalisée (NDVI) lorsque les types de prairie étaient regroupés au sein des régions, peut-être parce que les tailles des parcelles sont plus petites en moyenne. Les communautés d'oiseaux et de papillons ont montré des relations significatives par rapport au type de prairie et au NDVI. Nous avons identifié plusieurs espèces clés étroitement associées à des types de prairies spécifiques le long du gradient hydrologique. En comparant les groupes taxonomiques, moins d'oiseaux ont montré des affinités d'habitat spécifiques que les papillons, peut-être parce que les oiseaux réagissent aux différences de structure d'habitat entre les types de prairie et utilisent le paysage à une échelle plus grossière que les papillons. En comparant les régions, la région de Teton a montré une plus grande prévisibilité des assemblages de communautés par rapport à la région de Gallatin. La région de Gallatin présentait des tendances temporelles plus importantes en ce qui concerne les papillons. Les communautés de papillons dans les prairies humides ont montré un changement distinct le long du gradient hydrologique pendant une période de sécheresse (1997-2000). Ces résultats impliquent que les plus grandes prairies de Teton montreront des associations espèces-habitat plus prévisibles (c'est-à-dire statiques) à long terme, mais que les plus petites

. 9 Animaux et produits d'origine animale 1 2013-01-01 2013-01-01 false Mouvement interétatique d'oiseaux morts et de volailles mortes à partir d'une zone de quarantaine. 82.6 Section 82.6 Animaux et produits d'origine animale ANIMAL ET VÉGÉTAL. (FIN) § 82.6 Mouvement interétatique d'oiseaux morts et de volailles mortes à partir d'une zone de quarantaine. (a) Sauf comme.

. 9 Animaux et produits d'origine animale 1 2012-01-01 2012-01-01 false Mouvement interétatique d'oiseaux morts et de volailles mortes à partir d'une zone de quarantaine. 82.6 Section 82.6 Animaux et produits d'origine animale ANIMAL ET VÉGÉTAL. (FIN) § 82.6 Mouvement interétatique d'oiseaux morts et de volailles mortes à partir d'une zone de quarantaine. (a) Sauf comme.

. 9 Animaux et produits d'origine animale 1 2014-01-01 2014-01-01 false Mouvement interétatique d'oiseaux morts et de volailles mortes à partir d'une zone de quarantaine. 82.6 Section 82.6 Animaux et produits d'origine animale ANIMAL ET VÉGÉTAL. mouvement d'oiseaux morts et de volailles mortes d'une zone de quarantaine. (a) Sous réserve des dispositions du paragraphe (b) du.

Hilbers, J P Schipper, A M Hendriks, A J Verones, F Pereira, H M Huijbregts, M A J

Les méthodes de quantification de la vulnérabilité des espèces à l'extinction sont généralement limitées par la disponibilité de données d'entrée spécifiques aux espèces concernant les caractéristiques du cycle biologique et la dynamique des populations. Ce manque de données entrave les évaluations de la biodiversité mondiale et la planification de la conservation. Ici, nous avons développé un nouveau cadre qui quantifie systématiquement le risque d'extinction sur la base des relations allométriques entre divers paramètres démographiques de la faune et la taille corporelle. Ces relations allométriques ont un solide fondement théorique et écologique. Les indicateurs de risque d'extinction inclus sont (1) la probabilité d'extinction, (2) le temps moyen jusqu'à l'extinction et (3) la taille critique du patch. Nous avons appliqué notre cadre pour évaluer la vulnérabilité d'extinction mondiale des oiseaux et mammifères terrestres carnivores et non carnivores. Quel que soit l'indicateur utilisé, les espèces de grande taille se sont avérées plus vulnérables à l'extinction que leurs homologues plus petites. Les modèles avec la taille corporelle ont été confirmés pour tous les groupes d'espèces par une comparaison avec les données de l'UICN sur la proportion d'espèces menacées existantes : les modèles ont correctement prédit une distribution multimodale avec la taille corporelle pour les oiseaux carnivores et une distribution monotone pour les mammifères et les oiseaux non carnivores. Les mammifères carnivores présentaient des risques d'extinction plus élevés que les non-carnivores, tandis que les oiseaux étaient plus sujets à l'extinction que les mammifères. Ces résultats s'expliquent par les relations allométriques, prédisant que les groupes d'espèces vulnérables auront des taux de croissance intrinsèque de la population plus faibles, des tailles de population plus petites, des capacités de charge plus faibles ou des distances de dispersion plus grandes, ce qui, à son tour, augmente l'importance des pertes dues aux effets stochastiques environnementaux. et les activités de dispersion. Notre étude est la première à intégrer l'analyse de la viabilité des populations et l'allométrie dans un nouveau cadre basé sur des processus qui est capable de quantifier le risque d'extinction d'un grand nombre d'espèces sans nécessiter de nombreuses données, les espèces

Revell, Christophe Somveille, Marius

Dans cet article, nous introduisons un modèle mécaniste des modèles de mouvement migratoire chez les oiseaux, inspiré par des idées et des méthodes de la physique. Des études antérieures ont mis en lumière les facteurs influençant la migration des oiseaux mais se sont principalement appuyées sur une analyse statistique corrélative des données de suivi. Notre nouvelle méthode offre une explication ascendante des schémas de mouvement migratoire au niveau de la population. Il diffère des précédents modèles mécanistes de migration animale et permet de prédire les voies et les destinations à partir d'un emplacement de départ donné. Nous définissons un paysage environnemental potentiel à partir de données environnementales et simulons le mouvement des oiseaux au sein de ce paysage sur la base de règles de décision simples tirées de la mécanique statistique. Nous explorons la capacité du modèle en comparant qualitativement les résultats de la simulation aux schémas de migration de non-reproduction d'une espèce d'oiseau de mer, l'Albatros à sourcils noirs (Thalassarche melanophris). Ce modèle minimal à deux paramètres a été en mesure de capturer remarquablement bien les schémas de migration précédemment documentés de l'albatros à sourcils noirs, avec la meilleure combinaison de valeurs de paramètres conservées dans plusieurs populations géographiquement séparées. Notre modèle mécaniste inspiré de la physique pourrait être appliqué à d'autres espèces d'oiseaux et très mobiles, améliorant ainsi notre compréhension de l'importance relative de divers facteurs entraînant la migration et faisant des prédictions qui pourraient être utiles pour la conservation.

Masden, Elizabeth A. Reeve, Richard Desholm, Mark Fox, Anthony D. Furness, Robert W. Haydon, Daniel T.

Les progrès de la technologie et de l'ingénierie, ainsi que les objectifs de l'Union européenne en matière d'énergies renouvelables, ont stimulé une croissance rapide du secteur de l'énergie éolienne. Les parcs éoliens contribuent à la réduction des émissions de carbone, mais il est nécessaire de s'assurer que ces structures n'ont pas d'impact négatif sur les populations qui interagissent avec elles, en particulier les oiseaux . Nous avons développé des modèles de mouvement basés sur les réponses d'évitement observées de l'eider à duvet Somateria mollissima aux parcs éoliens pour prévoir et identifier des mesures potentielles pour réduire les impacts. Les données de trajectoire de vol qui ont été collectées après la construction du parc éolien offshore danois de Nysted ont été utilisées pour paramétrer des modèles concurrents de mouvements d'oiseaux autour des turbines. Le modèle se rapprochant le plus des données observées incorporait une variation individuelle de la distance minimale à laquelle les oiseaux répondaient aux turbines. Nous montrons comment de tels modèles peuvent contribuer à la planification spatiale des parcs éoliens en évaluant leur étendue, l'espacement des turbines et les configurations sur la probabilité de passage d'oiseaux entre les turbines. Les modèles de mouvement aviaire peuvent apporter de nouvelles contributions aux évaluations environnementales des développements de parcs éoliens et fournir des indications sur la façon de réduire les impacts qui peuvent être identifiés au stade de la planification. PMID : 22552921

Masden, Elizabeth A Reeve, Richard Desholm, Mark Fox, Anthony D Furness, Robert W Haydon, Daniel T

Les progrès de la technologie et de l'ingénierie, ainsi que les objectifs de l'Union européenne en matière d'énergies renouvelables, ont stimulé une croissance rapide du secteur de l'énergie éolienne. Les parcs éoliens contribuent à la réduction des émissions de carbone, mais il est nécessaire de s'assurer que ces structures n'ont pas d'impact négatif sur les populations qui interagissent avec elles, en particulier les oiseaux . Nous avons développé des modèles de mouvement basés sur les réponses d'évitement observées de l'eider à duvet Somateria mollissima aux parcs éoliens pour prévoir et identifier des mesures potentielles pour réduire les impacts. Les données de trajectoire de vol qui ont été collectées après la construction du parc éolien offshore danois de Nysted ont été utilisées pour paramétrer des modèles concurrents de mouvements d'oiseaux autour des turbines. Le modèle se rapprochant le plus des données observées incorporait une variation individuelle de la distance minimale à laquelle les oiseaux répondaient aux turbines. Nous montrons comment de tels modèles peuvent contribuer à la planification spatiale des parcs éoliens en évaluant leur étendue, l'espacement des turbines et les configurations sur la probabilité de passage d'oiseaux entre les turbines. Les modèles de mouvement aviaire peuvent apporter de nouvelles contributions aux évaluations environnementales des développements de parcs éoliens et fournir des indications sur la façon de réduire les impacts qui peuvent être identifiés au stade de la planification.

Hines, James Powell, Luke L. Wolfe, Jared D. Johnson, Erik l. Nichols, James D. Stouffer, Phillip C.

Compte tenu des taux de déforestation, de perturbation et d'accumulation de forêts secondaires dans les forêts tropicales humides, il est absolument nécessaire de quantifier l'utilisation et les déplacements de l'habitat entre les différents habitats. Ce besoin est particulièrement prononcé pour les animaux les plus sensibles au dérangement, comme les oiseaux insectivores du sous-bois . Ici, nous utilisons des modèles de capture-recapture multi-états avec des données de radiotélémétrie pour déterminer le stade de succession auquel les probabilités de mouvement dans la journée des oiseaux amazoniens dans la forêt secondaire sont similaires à celles de la forêt primaire.Dans le cadre du projet Biological Dynamics of Forest Fragments près de Manaus, au Brésil, nous avons radio-pisté trois espèces communes d'insectivores de sous-étage dans les forêts primaires et secondaires : deux lianes, Glyphorynchus spirurus (n = 19) et Xiphorhynchus pardalotus (n = 18), et la fourmilière terrestre Formicarius colma(n = 19). L'âge de la forêt était un bon prédicteur de la fidélité à un habitat donné. Les trois espèces ont montré une plus grande fidélité à la forêt primaire qu'à la forêt secondaire de 8 à 14 ans, ce qui indique la qualité relativement médiocre de cette dernière. Les deux espèces de lianes utilisaient une forêt secondaire de 12 à 18 ans d'une manière comparable à la forêt continue, mais F. colma a évité de se déplacer même dans la forêt secondaire de 27 à 31 ans, la plus ancienne de notre site. Nos résultats suggèrent que les gestionnaires concernés par les espèces moins sensibles peuvent supposer que les réserves forestières reliées par des corridors forestiers secondaires âgés de 12 à 18 ans sont effectivement connectées. D'un autre côté, plus de 30 ans sont nécessaires après l'abandon des terres avant que la forêt secondaire ne serve de conduit de type forêt primaire pour le déplacement de F. colma, les insectivores terrestres plus sensibles peuvent prendre encore plus de temps.

Gillies, Cameron S St Clair, Colleen Cassady

On suppose que les corridors riverains et les clôtures augmentent la persistance des animaux forestiers dans les paysages fragmentés en facilitant les déplacements entre les parcelles d'habitat convenable. Cette fonction peut être d'une importance critique pour les oiseaux forestiers, qui ont considérablement diminué dans les habitats fragmentés. Malheureusement, il a été difficile de recueillir des preuves directes de l'utilisation des corridors à l'échelle du paysage et cela limite le soutien aux corridors dans la planification de la conservation. À l'aide de la télémétrie et d'unités GPS portables, nous avons examiné le mouvement des oiseaux forestiers en transférant des individus territoriaux de fourmis barrées (Thamnophilus doliatus un spécialiste des forêts) et de troglodytes à nuque rousse (Campylorhynchus rufinucha un généraliste des forêts) à 0,7-1,9 km de leurs territoires dans la région hautement forêt tropicale sèche fragmentée du Costa Rica. Dans chaque transfert, l'habitat intervenant directement comprenait 1 des 3 traitements : un corridor riverain boisé, une clôture vivante linéaire ou un pâturage ouvert. Les fourmis-grièches sont revenues plus rapidement et avec plus de succès dans les corridors riverains par rapport aux traitements des pâturages. Cette espèce a également voyagé plus directement dans les traitements des corridors riverains, a fait un détour pour emprunter des routes forestières dans les 2 autres traitements et n'a pas utilisé de clôtures même lorsqu'elles menaient directement à leur territoire d'origine. En revanche, les troglodytes étaient plus susceptibles d'utiliser des clôtures lors du retour, et le temps de retour et le succès étaient équivalents parmi les 3 traitements. Les deux espèces ont traversé moins de trouées dans le couvert arboré pendant les traitements de corridors riverains que dans les traitements de clôture ou de pâturage. Nous concluons que les fourmis-grièches, qui peuvent être représentatives d'autres spécialistes de la forêt, utilisent des corridors forestiers pour se déplacer dans ce paysage et que les clôtures sont évitées comme conduits de déplacement.

Michel, N. L. Wilsey, C. Burkhalter, C. Trusty, B. Langham, G.

Des indicateurs évolutifs du changement de la biodiversité sont essentiels pour rendre compte des progrès globaux vers les objectifs nationaux et mondiaux de conservation de la biodiversité (par exemple, les objectifs d'Aichi) et de développement durable (ODD). Ces variables essentielles de la biodiversité tirent parti des nouvelles technologies de télédétection et de la croissance de la participation scientifique communautaire. Nous présentons ici une nouvelle métrique de la biodiversité quantifiant la résilience des communautés d'oiseaux et, par extension, de leurs communautés écologiques associées. Cette métrique ajoute de l'ampleur à la classe de composition de la communauté des variables essentielles de la biodiversité qui suivent les tendances de l'état et de la vulnérabilité des communautés écologiques. Nous avons développé cet indice pour une utilisation avec les oiseaux des prairies d'Amérique du Nord, une guilde qui a connu des déclins de population plus importants que toute autre guilde aviaire, afin d'évaluer les gains de la mise en œuvre des meilleures pratiques de gestion sur les terres privées. L'indice de résilience des communautés d'oiseaux a été conçu pour incorporer l'ensemble des réponses spécifiques aux espèces aux actions de gestion et être suffisamment flexible pour fonctionner sur de larges gradients climatiques, de couverture terrestre et de communautés d'oiseaux (c'est-à-dire les prairies du nord du Mexique au Canada). L'indice de résilience des communautés d'oiseaux se compose de quatre éléments : les estimations de densité des oiseaux des prairies et des terres arides, la pondération basée sur la conservation, ont besoin d'une métrique de diversité fonctionnelle pour intégrer la résilience des communautés d'oiseaux et de leurs écosystèmes et un système de notation standardisé pour contrôler la variation interannuelle causée par des facteurs extrinsèques (par exemple, le climat). Nous présentons une analyse de la résilience des communautés d'oiseaux dans les ranchs de la région des Grandes Plaines du Nord des États-Unis. Comme prévu, la résilience des communautés d'oiseaux était plus élevée dans les terres mettant en œuvre les meilleures pratiques de gestion qu'ailleurs. Bien qu'elle soit développée pour les oiseaux des prairies, cette métrique a un grand potentiel d'utilisation en tant que variable essentielle de la biodiversité pour la composition de la communauté dans une variété d'habitats.

Buchin, Kevin Sijben, Stef van Loon, E Emiel Sapir, Nir Mercier, Stéphanie Marie Arseneau, T Jean Willems, Erik P

Le modèle de mouvement du pont brownien (BBMM) fournit une approximation biologiquement valable de la trajectoire de déplacement d'un animal sur la base de données de localisation discrètes et constitue une méthode puissante pour quantifier les distributions d'utilisation. Le calcul de la distribution d'utilisation sur la base du BBMM tout en calculant les paramètres de mouvement directement à partir des données de localisation peut entraîner des résultats incohérents et trompeurs. Nous montrons comment le BBMM peut être étendu pour calculer également des paramètres de mouvement dérivés. De plus, nous montrons comment intégrer le contexte environnemental dans une analyse basée sur le BBMM. Nous développons un cadre informatique pour analyser le mouvement des animaux basé sur le BBMM. En particulier, nous démontrons comment un paramètre de mouvement dérivé (vitesse relative) et sa distribution spatiale peuvent être calculés dans le BBMM. Nous montrons comment intégrer notre cadre avec le cadre conceptuel du paradigme de l'écologie du mouvement de deux manières liées mais extrêmement différentes, en nous concentrant sur l'influence que l'environnement a sur le mouvement des animaux. Tout d'abord, nous démontrons une approche a posteriori, dans laquelle la distribution spatiale de la vitesse de déplacement relative moyenne obtenue à partir d'un modèle « contextuellement naïf » est liée à la structure de la végétation locale dans la zone de répartition mensuelle d'un groupe de singes vervets sauvages. Sans un modèle comme le BBMM, il ne serait pas possible d'estimer une telle distribution spatiale d'un paramètre de manière fiable. Deuxièmement, nous introduisons une approche a priori dans laquelle les informations atmosphériques sont utilisées pour calculer un paramètre crucial du BBMM pour étudier les propriétés de vol des guêpiers migrateurs. Cette analyse montre des différences significatives dans les caractéristiques des modes de vol, qui n'auraient pas été détectées sans l'utilisation du BBMM. Notre algorithme est le premier du genre à permettre un calcul basé sur BBMM des paramètres de mouvement au-delà de la distribution d'utilisation, et nous présentons deux études de cas qui démontrent deux manières fondamentalement différentes dont notre algorithme peut être appliqué à

Chambers, Ryan Gabbett, Tim J Cole, Michael H Beard, Adam

La microtechnologie a permis aux scientifiques du sport de comprendre les exigences locomotrices de divers sports. Alors que la technologie de positionnement global portable a été utilisée pour quantifier les exigences locomotrices des activités sportives, des microcapteurs (c'est-à-dire des accéléromètres, des gyroscopes et des magnétomètres) intégrés dans les unités ont également la capacité de détecter des mouvements spécifiques au sport. L'objectif de cette étude était de déterminer dans quelle mesure les microcapteurs (également appelés unités de mesure inertielle et capteurs microélectromécaniques) ont été utilisés pour quantifier les mouvements spécifiques au sport. Une revue systématique de l'utilisation des microcapteurs et des termes associés pour évaluer les mouvements spécifiques au sport a été menée. Les permutations des termes utilisés comprenaient des noms alternatifs des diverses technologies utilisées, leurs applications et différents environnements appliqués. Les études de cette revue ont été publiées entre 2008 et 2014 et ont été identifiées grâce à une recherche systématique dans six bases de données électroniques : Academic Search Complete, CINAHL, PsycINFO, PubMed, SPORTDiscus et Web of Science. Les articles devaient avoir utilisé des capteurs montés sur les athlètes pour détecter les mouvements spécifiques au sport (par exemple, le matériel de rugby à XV) plutôt que des capteurs montés sur l'équipement et surveillant les modèles de mouvement génériques. Au total, 2395 études ont été initialement extraites des six bases de données et 737 résultats ont été supprimés car il s'agissait de doublons, d'articles de synthèse ou de résumés de conférences. Après avoir examiné les titres et les résumés des articles restants, le texte intégral de 47 articles a été examiné, ce qui a permis d'inclure 28 articles répondant aux critères définis concernant l'application de microcapteurs pour détecter les mouvements spécifiques au sport. Huit articles traitaient de l'utilisation de microcapteurs dans les sports individuels, les sports d'équipe ont fourni sept résultats, les sports nautiques ont fourni huit articles et cinq articles ont traité de l'utilisation de microcapteurs dans les sports de neige. Tous les articles ont fourni des preuves de la capacité des microcapteurs à détecter le sport

van Hedel, Hubertus J A Häfliger, Nadine Gerber, Corinna N

Il est difficile de faire la distinction entre les mécanismes réparateurs et compensatoires sous-jacents à la neuroréadaptation (pédiatrique), car les mesures objectives évaluant le contrôle moteur volontaire sélectif (SVMC) sont rares. Notre objectif était de quantifier la SVMC des mouvements du coude chez les enfants atteints de lésions cérébrales. Les enfants ont joué à un jeu d'avion avec le système YouGrabber à base de gants. Les participants ont été invités à diriger un avion sur un écran à travers un chemin sans nuage en appliquant correctement les mouvements bilatéraux de flexion et d'extension du coude. Les mesures de performance du jeu étaient (i) le % de temps passé sur la bonne trajectoire et (ii) la similitude entre la trajectoire de vol idéale et la trajectoire réellement parcourue. La SVMC a été quantifiée en calculant un coefficient de corrélation entre la dérivée de la trajectoire idéale et les mouvements du coude. Un thérapeute a noté si l'enfant avait utilisé des mouvements compensatoires. Trente-trois enfants présentant des lésions cérébrales (11 filles 12,6 ± 3,6 ans) ont participé. Les scores cliniques moteurs et cognitifs étaient modérément corrélés avec la SVMC (0,50-0,74). Les analyses des caractéristiques de fonctionnement du récepteur ont montré que le SVMC pouvait bien et mieux différencier les mesures de performance cliniques et de jeu entre les mouvements compensatoires et physiologiques. Nous concluons qu'une mesure simple évaluée en jouant à un jeu semble prometteuse pour quantifier la SVMC. Nous proposons comment améliorer la méthodologie, et comment cette approche peut être facilement étendue à d'autres articulations.

Osu, Rieko Ota, Kazuko Fujiwara, Toshiyuki Otaka, Yohei Kawato, Mitsuo Liu, Meigen

Pour évaluer plus précisément les résultats de la réadaptation chez les patients victimes d'un AVC, les irrégularités des mouvements doivent être quantifiées. Des travaux antérieurs chez des patients victimes d'un AVC ont révélé une réduction de la régularité de la trajectoire et de la segmentation des mouvements continus. Cliniquement, le Stroke Impairment Assessment Set (SIAS) évalue la maladresse des mouvements des bras à l'aide d'une échelle ordinale basée sur les observations de l'examinateur. Dans cette étude, nous nous sommes concentrés sur la courbure tridimensionnelle de la trajectoire de la main pour quantifier le mouvement et visons à établir une nouvelle mesure indépendante de la durée du mouvement. Nous avons comparé la mesure proposée avec le score SIAS et la mesure du jerk représentant la régularité temporelle. Seize patients ayant subi un AVC avec des scores SIAS de la fonction motrice proximale des membres supérieurs (test genou-bouche) allant de 2 (performance incomplète) à 4 (maladresse légère) ont été recrutés. Neuf participants en bonne santé avec un score SIAS de 5 (normal) ont également participé. Il a été demandé aux participants de saisir un verre en plastique et de le déplacer de manière répétitive des genoux à la bouche et inversement à une vitesse conforme pendant 30 s, au cours desquelles le mouvement de la main a été mesuré à l'aide d'OPTOTRAK. Les données de position ont été différenciées numériquement et la courbure tridimensionnelle a été calculée. Pour comparer avec une mesure précédemment proposée, la secousse quadratique moyenne normalisée par sa valeur minimale a été calculée. Les participants en bonne santé du même âge ont été invités à déplacer le verre à trois vitesses de mouvement différentes. Il y avait une relation inverse entre la courbure de la trajectoire de mouvement et le score SIAS du patient. La médiane du -log de courbure (MedianLC) était bien corrélée avec le score SIAS, la sous-section des membres supérieurs de l'évaluation de Fugl-Meyer et la mesure de la secousse dans le bras parétique. Lorsque les participants en bonne santé se déplaçaient lentement, l'augmentation de la mesure de la secousse était comparable aux mouvements parétiques avec un score SIAS de 2 à 4, tandis que le MedianLC se distinguait des mouvements parétiques. Mesure basée sur

Contexte Pour évaluer plus précisément les résultats de la réadaptation chez les patients victimes d'un AVC, les irrégularités des mouvements doivent être quantifiées . Des travaux antérieurs chez des patients victimes d'un AVC ont révélé une réduction de la régularité de la trajectoire et de la segmentation des mouvements continus. Cliniquement, le Stroke Impairment Assessment Set (SIAS) évalue la maladresse des mouvements des bras à l'aide d'une échelle ordinale basée sur les observations de l'examinateur. Dans cette étude, nous nous sommes concentrés sur la courbure tridimensionnelle de la trajectoire de la main pour quantifier le mouvement et visons à établir une nouvelle mesure indépendante de la durée du mouvement. Nous avons comparé la mesure proposée avec le score SIAS et la mesure du jerk représentant la régularité temporelle. Méthodes Seize patients ayant subi un AVC avec des scores SIAS de la fonction motrice proximale des membres supérieurs (test genou-bouche) allant de 2 (performance incomplète) à 4 (maladresse légère) ont été recrutés. Neuf participants en bonne santé avec un score SIAS de 5 (normal) ont également participé. Il a été demandé aux participants de saisir un verre en plastique et de le déplacer de manière répétitive des genoux à la bouche et inversement à une vitesse conforme pendant 30 s, au cours desquelles le mouvement de la main a été mesuré à l'aide d'OPTOTRAK. Les données de position ont été différenciées numériquement et la courbure tridimensionnelle a été calculée. Pour comparer avec une mesure précédemment proposée, la secousse quadratique moyenne normalisée par sa valeur minimale a été calculée. Les participants en bonne santé du même âge ont été invités à déplacer le verre à trois vitesses de mouvement différentes. Résultats Il y avait une relation inverse entre la courbure de la trajectoire de mouvement et le score SIAS du patient. La médiane du -log de courbure (MedianLC) était bien corrélée avec le score SIAS, la sous-section des membres supérieurs de l'évaluation de Fugl-Meyer et la mesure de la secousse dans le bras parétique. Lorsque les participants en bonne santé se déplaçaient lentement, l'augmentation de la mesure du jerk était comparable aux mouvements parétiques avec un score SIAS de 2 à 4, tandis que le MedianLC se distinguait des mouvements parétiques.

Jared Verner Edward C. Beedy Stephen L. Granholm Lyman V. Ritter Edward F. Toth

Ce chapitre fournit des informations sur l'état, la répartition (par type d'habitat et stade de succession) et le cycle biologique de base de chacune des 208 espèces d'oiseaux que l'on trouve dans l'ouest de la Sierra Nevada. La plupart des données provenaient de la littérature, bien que les ornithologues professionnels impliqués dans ce projet se soient appuyés sur une vaste expérience personnelle avec les oiseaux dans le.

Muzaffar, Sabir Bin Hill, Nichola J. Takekawa, John Y. Perry, William M. Smith, Lacy M. Boyce, Walter M.

Le virus de la grippe aviaire (AIV) est influencé par la fidélité au site et les déplacements des oiseaux hôtes. Nous avons examiné l'écologie des déplacements des corbeaux d'Amérique (Corvus brachyrhynchos) en tant qu'hôtes potentiels du virus du Nil occidental (VNO) et des oies rieuses (Anser albifrons frontalis) en tant qu'hôtes potentiels des AIV. La recherche était basée sur des études de radiotélémétrie menées dans la vallée centrale de Californie, aux États-Unis. Alors que les corbeaux étaient limités à une petite zone de quelques kilomètres carrés seulement, la répartition des oies englobait le nord de la vallée centrale. Les corbeaux ont utilisé 1,5 à 3,5 zones de repos différentes chaque mois de février à octobre, révélant une plus faible fidélité au perchoir que les oies qui utilisaient de 1,1 à 1,5 zones de repos chaque mois de novembre à mars. Les corbeaux se sont déplacés sur une distance moyenne de 0,11 à 0,49 km/mois entre leurs sites de repos et de 2,5 à 3,9 km/mois entre les sites de repos et d'alimentation. En revanche, les oies se déplaçaient de 4,2 à 19,3 km/mois entre les aires de repos, et leur aire d'alimentation variait de 13,2 à 19,0 km/mois. Notre comparaison des caractéristiques écologiques des déplacements d'oiseaux suggère que les déplacements locaux limités des corneilles couplés à un renouvellement fréquent des dortoirs peuvent entraîner la persistance de zones focales pour l'infection par le VNO. En revanche, les zones étendues utilisées par les oies offriront des opportunités régulières de mélange d'AIV sur une zone géographique beaucoup plus grande.

Staunton, Craig Wundersitz, Daniel Gordon, Brett Kingsley, Michael

Cette étude a évalué la validité de construction de la force nette dérivée de l'accélérométrie pour quantifier les exigences externes des mouvements de basket-ball. Vingt-huit basketteurs ont terminé le test de récupération intermittente Yo-Yo (Yo-Yo-IR1) et le test de simulation d'exercice de basket-ball (BEST). L'intensité a été quantifiée en utilisant la force nette moyenne dérivée de l'accélérométrie (AvF Net ) et PlayerLoad TM par minute (PL/min). Les corrélations intra-joueurs ont été déterminées entre l'intensité et la vitesse de course pendant Yo-Yo-IR1. Le Net AvF mesuré a été déterminé pour les mouvements pendant le BEST et le Net AvF prédit a été calculé en utilisant la vitesse de déplacement et les corrélations de Yo-Yo-IR1. Les relations entre AvF Net et la vitesse de course pendant Yo-Yo-IR1 étaient presque parfaites (r 2 = 0,95, IC à 95 % : 0,94-0,96 p mouvements comprenant des sauts, des changements de direction et des déplacements (15 %-41 %). Selon l'hypothèse, AvF Net différait selon la position de jeu (11%-16% p efficacité de mouvement. La vitesse de sprint et AvF Net ont toutes deux diminué au cours du BEST (p ≤0,013). Ces résultats confirment la validité de construction d'AvF Net pour quantifier le demande des mouvements de basket-ball. La force nette dérivée de l'accélérométrie a le potentiel de quantifier les exigences externes des basketteurs pendant l'entraînement et la compétition. © Georg Thieme Verlag KG Stuttgart · New York.

Cette étude présente l'intégration de la détection et de la portée de la lumière (LiDAR) et de la télédétection hyperspectrale pour créer une carte tridimensionnelle de l'habitat des oiseaux dans le corridor de la ceinture de verdure d'Elm Fork de la rivière Trinity. Cette carte permet d'examiner la relation entre la structure des peuplements forestiers, l'hétérogénéité du paysage et la composition des communautés d'oiseaux. Un recensement semestriel des oiseaux a été effectué sur ce site pendant les saisons de reproduction de 2009 et 2010. Les données de recensement combinées à la carte tridimensionnelle suggèrent que l'abondance locale des oiseaux nicheurs, la structure de la communauté et les modèles de distribution spatiale sont fortement influencés par l'hétérogénéité verticale de la surface de la végétation. . Pour les oiseaux nicheurs locaux, l'hétérogénéité verticale de la surface de la canopée dans les peuplements, la connectivité aux parcelles forestières adjacentes, le plus grand indice de parcelles forestières et les types d'habitat (végétation) se sont avérés être les facteurs les plus influents pour déterminer les assemblages de communautés d'oiseaux. Les résultats mettent également en évidence le rôle essentiel des forêts secondaires pour augmenter la connectivité fonctionnelle des parcelles forestières. Dans l'ensemble, les descriptions d'habitat tridimensionnelles dérivées de données LiDAR et hyperspectrales intégrées constituent un puissant outil de conservation des oiseaux qui montre comment la répartition des espèces d'oiseaux est liée à la composition et à la structure des forêts à différentes échelles.

Kay, Shannon L Fischer, Justin W Monaghan, Andrew J Beasley, James C Boughton, Raoul Campbell, Tyler A Cooper, Susan M Ditchkoff, Stephen S Hartley, Steve B Kilgo, John C Wisely, Samantha M Wyckoff, A Christy VerCauteren, Kurt C Pépin, Kim M

Le comportement de mouvement d'un animal est déterminé par des facteurs extrinsèques et intrinsèques qui opèrent à plusieurs échelles spatio-temporelles, mais une grande partie de notre connaissance du mouvement animal provient d'études qui n'examinent qu'une ou deux échelles simultanément. Comprendre les moteurs des déplacements des animaux à plusieurs échelles est crucial pour comprendre les principes fondamentaux de l'écologie des déplacements, prédire les changements de distribution, décrire la dynamique des maladies et identifier des méthodes efficaces de conservation et de gestion de la faune. Nous avons obtenu plus de 400 000 emplacements GPS de porcs sauvages à partir de 13 études différentes couvrant six États du sud des États-Unis, et quantifié les taux de déplacement et la taille du domaine vital dans un seul cadre analytique. Nous avons utilisé un cadre de modèle mixte additif généralisé pour quantifier les effets de cinq grandes catégories de prédicteurs sur le mouvement : les attributs au niveau individuel, les facteurs géographiques, les attributs du paysage, les conditions météorologiques et les variables temporelles. Nous avons examiné les effets des prédicteurs sur trois échelles temporelles : quotidienne, mensuelle et en utilisant toutes les données au cours de la période d'étude. Nous avons pris en compte à la fois des facteurs environnementaux locaux tels que les données météorologiques quotidiennes et la distance par rapport aux diverses ressources du paysage, ainsi que des facteurs agissant à une échelle spatiale plus large tels que l'écorégion et la saison. Nous avons trouvé des variables météorologiques (température et pression), des caractéristiques du paysage (distance des sources d'eau), un facteur géographique à grande échelle (écorégion) et des caractéristiques individuelles (classe d'âge et de sexe) qui ont entraîné le déplacement des porcs sauvages à toutes les échelles, mais l'ampleur et la forme des relations de covariables avec le mouvement différaient selon les échelles temporelles. Le cadre analytique que nous présentons peut être utilisé pour évaluer les schémas de déplacement provenant de plusieurs sources de données pour une gamme d'espèces tout en tenant compte des corrélations spatio-temporelles. Nos analyses montrent l'ampleur par laquelle les normes de réaction peuvent changer en fonction de l'échelle temporelle des données de réponse, illustrant l'importance de

Caillouët, Kevin A. Riggan, Anna E. Rider, Mark Bulluck, Lesley P.

Des estimations précises des taux de contact hôte-vecteur sont nécessaires pour une détermination précise de l'intensité de la transmission des arbovirus. Nous avons conçu et testé un nouveau dispositif de collecte de moustiques, le Nest Mosquito Trap (NMT), pour collecter les moustiques lorsqu'ils tentent de se nourrir d'oiseaux nicheurs non restreints dans des nichoirs artificiels. Au laboratoire, le NMT a collecté près d'un tiers des moustiques introduits dans les nichoirs. Nous avons ensuite utilisé ces données de laboratoire pour estimer notre efficacité de capture des moustiques à la recherche d'oiseaux collectés sur le terrain pendant 66 nuits de piège. Nous avons estimé que 7,5 moustiques par nuit de piège tentaient de se nourrir d'oiseaux nicheurs dans des nichoirs artificiels. La présence du NMT n'a pas eu d'effet négatif sur le succès de nidification des oiseaux par rapport aux nichoirs occupés qui n'ont pas été échantillonnés avec le piège. De futures études utilisant le NMT pourraient élucider le rôle des oisillons dans la transmission des arbovirus et affiner davantage les estimations des taux de contact des oiseaux nicheurs et des vecteurs. PMID : 22548555

Demšar, Urika Çöltekin, Arzu

Les mouvements oculaires donnent un aperçu de ce à quoi les gens prêtent attention et sont donc généralement inclus dans diverses études sur les interactions homme-machine. Les dispositifs d'enregistrement des mouvements oculaires (eye trackers) produisent des trajectoires du regard, c'est-à-dire des séquences de localisation du regard sur l'écran. Malgré les récents développements technologiques qui ont permis un matériel plus abordable, les données du regard sont toujours coûteuses et longues à collecter, c'est pourquoi certains proposent d'utiliser plutôt les mouvements de la souris. Ceux-ci sont faciles à collecter automatiquement et à grande échelle. Si et comment ces deux types de mouvement sont liés, cependant, est moins clair et très débattu. Nous abordons ce problème de deux manières. Tout d'abord, nous introduisons une nouvelle méthodologie d'analyse de mouvement pour quantifier le niveau d'interaction dynamique entre le regard et le pointeur de la souris sur l'écran. Notre méthode utilise la représentation volumétrique du mouvement, les densités spatio-temporelles, ce qui nous permet de calculer les niveaux d'interaction entre deux types de mouvement physiquement différents. Nous décrivons la méthode et comparons les résultats avec les méthodes d'interaction dynamique existantes issues de l'écologie du mouvement. La sensibilité aux paramètres de la méthode est évaluée sur des trajectoires simulées où l'on peut contrôler les niveaux d'interaction. Deuxièmement, nous effectuons une expérience avec le suivi des yeux et de la souris pour générer des données réelles avec des niveaux d'interaction réels, pour appliquer et tester notre nouvelle méthodologie sur un cas réel. De plus, comme nos tâches expérimentales imitent le traçage d'itinéraires lors de l'utilisation d'une carte, c'est plus qu'un exercice de collecte de données et cela nous permet simultanément d'étudier la connexion réelle entre l'œil et la souris. Nous constatons qu'il semble y avoir un couplage naturel lorsque les yeux ne sont pas sous contrôle conscient, mais que ce couplage se rompt lorsqu'il est demandé de les déplacer intentionnellement. Sur la base de ces observations, nous suggérons provisoirement que pour les tâches de traçage naturel, le suivi de la souris pourrait potentiellement fournir des informations similaires à celles du suivi oculaire et donc être utilisé comme indicateur d'attention. pourtant

Les mouvements oculaires donnent un aperçu de ce à quoi les gens prêtent attention et sont donc généralement inclus dans diverses études sur les interactions homme-machine. Les dispositifs d'enregistrement des mouvements oculaires (eye trackers) produisent des trajectoires du regard, c'est-à-dire des séquences de localisation du regard sur l'écran. Malgré les récents développements technologiques qui ont permis un matériel plus abordable, les données du regard sont toujours coûteuses et longues à collecter, c'est pourquoi certains proposent d'utiliser les mouvements de la souris à la place. Ceux-ci sont faciles à collecter automatiquement et à grande échelle. Si et comment ces deux types de mouvement sont liés, cependant, est moins clair et très débattu. Nous abordons ce problème de deux manières. Tout d'abord, nous introduisons une nouvelle méthodologie d'analyse de mouvement pour quantifier le niveau d'interaction dynamique entre le regard et le pointeur de la souris sur l'écran. Notre méthode utilise la représentation volumétrique du mouvement, les densités spatio-temporelles, ce qui nous permet de calculer les niveaux d'interaction entre deux types de mouvement physiquement différents. Nous décrivons la méthode et comparons les résultats avec les méthodes d'interaction dynamique existantes issues de l'écologie du mouvement. La sensibilité aux paramètres de la méthode est évaluée sur des trajectoires simulées où l'on peut contrôler les niveaux d'interaction. Deuxièmement, nous effectuons une expérience avec le suivi des yeux et de la souris pour générer des données réelles avec des niveaux d'interaction réels, pour appliquer et tester notre nouvelle méthodologie sur un cas réel. De plus, comme nos tâches expérimentales imitent le traçage d'itinéraires lors de l'utilisation d'une carte, c'est plus qu'un exercice de collecte de données et cela nous permet simultanément d'étudier la connexion réelle entre l'œil et la souris. Nous constatons qu'il semble y avoir un couplage naturel lorsque les yeux ne sont pas sous contrôle conscient, mais que ce couplage se rompt lorsqu'il est demandé de les déplacer intentionnellement. Sur la base de ces observations, nous suggérons provisoirement que pour les tâches de traçage naturel, le suivi de la souris pourrait potentiellement fournir des informations similaires à celles du suivi oculaire et donc être utilisé comme indicateur d'attention. pourtant

Dusek, Robert J Hallgrimsson, Gunnar T Ip, Hon S Jónsson, Jón E Sreevatsan, Srinand Nashold, Sean W TeSlaa, Joshua L Enomoto, Shinichiro Halpin, Rebecca A Lin, Xudong Fedorova, Nadia Stockwell, Timothy B Dugan, Vivien G Wentworth, David E Hall, Jeffrey S

Le virus de l'influenza aviaire (AIV) chez les oiseaux sauvages a suscité un intérêt croissant au cours de la dernière décennie en raison de l'émergence d'AIV qui provoquent des maladies et une mortalité importantes chez les volailles et les humains. Alors que la recherche démontre clairement que les AIV peuvent se déplacer à travers l'océan Pacifique ou l'océan Atlantique, il n'y a pas de données pour soutenir le mécanisme de la façon dont cela se produit. Au printemps et à l'automne 2010 et à l'automne 2011, nous avons obtenu des échantillons d'écouvillonnage cloacaux de 1078 oiseaux aquatiques, goélands et oiseaux de rivage de diverses espèces du sud-ouest et de l'ouest de l'Islande et les avons testés pour l'AIV. À partir de ceux-ci, nous avons isolé et entièrement séquencé les génomes de 29 AIV de goélands sauvages (Charadriiformes) et de sauvagine (Anseriformes) en Islande. Nous avons détecté des virus entièrement (8 des 8 segments génomiques) de lignée américaine, des virus entièrement de lignée eurasienne et des virus avec une lignée mixte américano-eurasiatique. Avant ce travail, seuls 2 AIV avaient été signalés chez des oiseaux sauvages en Islande et seule la séquence d'un segment était disponible dans GenBank. Il s'agit du premier rapport de découverte d'AIV de lignée entièrement américaine et de lignée eurasienne, ainsi que des virus réassortis, ensemble dans le même emplacement géographique. Notre étude démontre l'importance de l'Atlantique Nord comme couloir de circulation des AIV entre l'Europe et l'Amérique du Nord.

Dusek, Robert J. Hallgrimsson, Gunnar T. Ip, Hon S. Jónsson, Jón E. Sreevatsan, Srinand Nashold, Sean W. TeSlaa, Joshua L. Enomoto, Shinichiro Halpin, Rebecca A. Lin, Xudong Fedorova, Nadia Stockwell, Timothy B. Dugan, Vivien G. Wentworth, David E. Hall, Jeffrey S.

Le virus de l'influenza aviaire (AIV) chez les oiseaux sauvages a suscité un intérêt croissant au cours de la dernière décennie en raison de l'émergence d'AIV qui provoquent des maladies et une mortalité importantes chez les volailles et les humains. Alors que la recherche démontre clairement que les AIV peuvent se déplacer à travers l'océan Pacifique ou l'océan Atlantique, il n'y a pas de données pour soutenir le mécanisme de la façon dont cela se produit. Au printemps et à l'automne 2010 et à l'automne 2011, nous avons obtenu des échantillons d'écouvillonnage cloacaux de 1078 oiseaux aquatiques, goélands et oiseaux de rivage de diverses espèces du sud-ouest et de l'ouest de l'Islande et les avons testés pour l'AIV. À partir de ceux-ci, nous avons isolé et entièrement séquencé les génomes de 29 AIV de goélands sauvages (Charadriiformes) et de sauvagine (Anseriformes) en Islande. Nous avons détecté des virus entièrement (8 des 8 segments génomiques) de lignée américaine, des virus entièrement de lignée eurasienne et des virus avec une lignée mixte américano-eurasiatique. Avant ce travail, seuls 2 AIV avaient été signalés chez des oiseaux sauvages en Islande et seule la séquence d'un segment était disponible dans GenBank. Il s'agit du premier rapport de découverte d'AIV de lignée entièrement américaine et de lignée eurasienne, ainsi que des virus réassortis, ensemble dans le même emplacement géographique. Notre étude démontre l'importance de l'Atlantique Nord comme couloir de circulation des AIV entre l'Europe et l'Amérique du Nord. PMID : 24647410

Dusek, Robert J. Hallgrimsson, Gunnar T. Ip, Hon S. Jónsson, Jón E. Sreevatsan, Srinand Nashold, Sean W. TeSlaa, Joshua L. Enomoto, Shinichiro Halpin, Rebecca A. Lin, Xudong Federova, Nadia Stockwell, Timothy B. Dugan, Vivien G. Wentworth, David E. Hall, Jeffrey S.

Le virus de l'influenza aviaire (AIV) chez les oiseaux sauvages a suscité un intérêt croissant au cours de la dernière décennie en raison de l'émergence d'AIV qui provoquent des maladies et une mortalité importantes chez les volailles et les humains. Alors que la recherche démontre clairement que les AIV peuvent se déplacer à travers l'océan Pacifique ou l'océan Atlantique, il n'y a pas de données pour soutenir le mécanisme de la façon dont cela se produit. Au printemps et à l'automne 2010 et à l'automne 2011, nous avons obtenu des échantillons d'écouvillonnage cloacaux de 1078 oiseaux aquatiques, goélands et oiseaux de rivage de diverses espèces du sud-ouest et de l'ouest de l'Islande et les avons testés pour l'AIV. À partir de ceux-ci, nous avons isolé et entièrement séquencé les génomes de 29 AIV de goélands sauvages (Charadriiformes) et d'oiseaux aquatiques (Anseriformes) en Islande. Nous avons détecté des virus entièrement (8 des 8 segments génomiques) de lignée américaine, des virus entièrement de lignée eurasienne et des virus avec une lignée mixte américano-eurasiatique. Avant ce travail, seuls 2 AIV avaient été signalés chez des oiseaux sauvages en Islande et seule la séquence d'un segment était disponible dans GenBank. Il s'agit du premier rapport de découverte d'AIV de lignée entièrement américaine et de lignée eurasienne, ainsi que des virus réassortis, ensemble dans le même emplacement géographique. Notre étude démontre l'importance de l'Atlantique Nord comme couloir de circulation des AIV entre l'Europe et l'Amérique du Nord.

Caligiuri, Michael P. Teulings, Hans-Leo Dean, Charles E. Niculescu, Alexander B. Lohr, James B.

La surveillance continue des effets secondaires extrapyramidaux (EPS) induits par les neuroleptiques est importante pour maximiser les résultats du traitement, améliorer l'observance du traitement et réduire les réhospitalisations. Les approches traditionnelles pour évaluer l'EPS telles que le parkinsonisme, l'akathisie tardive ou la dyskinésie reposent sur des évaluations cliniques. Cependant, ces cotes de sévérité de l'EPS basées sur les observateurs peuvent ne pas être fiables et sont sujettes aux biais de l'examinateur. En revanche, les méthodes instrumentales quantitatives sont moins sujettes aux biais. La plupart des méthodes instrumentales n'ont qu'une utilité clinique limitée en raison de leur complexité et de leurs coûts. Cet article décrit une approche instrumentale facile à utiliser basée sur des mouvements d'écriture pour quantifier l'EPS. Ici, nous présentons les résultats de patients psychiatriques traités avec des antipsychotiques atypiques (deuxième génération). La tâche d'écriture manuscrite consistait en une phrase écrite plusieurs fois dans une limite verticale de 2 cm à une vitesse confortable à l'aide d'un stylo sans encre et d'une tablette numérique. Les variables cinématiques, y compris la durée du mouvement, la vitesse verticale maximale et le nombre de pics d'accélération, et la secousse normalisée moyenne (une mesure de la douceur) pour chaque course ascendante ou descendante et leurs sous-mouvements ont été analysées. Les résultats de 59 patients atteints de psychose et de 46 sujets de comparaison sains ont révélé un ralentissement et une dysfluidité significatifs chez les patients par rapport aux témoins. Nous avons observé des différences entre les médicaments et la dose quotidienne. Ces résultats soutiennent la validité écologique de l'analyse des mouvements de l'écriture manuscrite en tant que biomarqueur comportemental objectif pour quantifier les effets des médicaments antipsychotiques et de la dose sur le système moteur. PMID : 20381875

Haeufle, D F B Günther, M Wunner, G Schmitt, S

En biomécanique et biorobotique, les muscles sont souvent associés à un effort de contrôle des mouvements réduit et à un contrôle simplifié par rapport aux actionneurs techniques. Ceci est basé sur des preuves que les propriétés musculaires non linéaires influencent positivement le contrôle des mouvements. Il est cependant possible de quantifier l'aspect simplicité de l'effort de contrôle et de le comparer entre les systèmes. Des mesures physiques, telles que la consommation d'énergie, la stabilité ou le jerk, ont déjà été appliquées pour comparer les systèmes biologiques et techniques. Ici, une mesure physique de l'effort de contrôle basée sur l'entropie de l'information est présentée. L'idée est que le contrôle est plus simple si un mouvement spécifique est généré avec moins d'informations de capteur traitées, en fonction du schéma de contrôle et des propriétés physiques des systèmes comparés. En calculant l'entropie d'information de Shannon de tous les signaux de capteurs requis pour le contrôle, une fonction de coût d'information peut être formulée permettant la comparaison de modèles de systèmes de contrôle biologiques et techniques. Appliquée à titre d'exemple aux modèles (bio-)mécaniques de sauts, la méthode révèle que l'information requise pour générer des sauts avec un muscle entraîné par un schéma de contrôle réflexe simple n'est que de I = 32 bits contre I = 660 bits avec un moteur à courant continu et un moteur proportionnel. contrôleur différentiel. Cette approche de quantification de l'effort de contrôle capture la simplicité d'un schéma de contrôle et peut être utilisée pour comparer des actionneurs et des approches de contrôle complètement différents.

Caillouët, Kevin A Riggan, Anna E Rider, Mark Bulluck, Lesley P

Des estimations précises des taux de contact hôte-vecteur sont nécessaires pour une détermination précise de l'intensité de la transmission des arbovirus. Nous avons conçu et testé un nouveau dispositif de collecte de moustiques, le Nest Mosquito Trap (NMT), pour collecter les moustiques lorsqu'ils tentent de se nourrir d'oiseaux nicheurs non restreints dans des nichoirs artificiels. Au laboratoire, le NMT a collecté près d'un tiers des moustiques introduits dans les nichoirs. Nous avons ensuite utilisé ces données de laboratoire pour estimer notre efficacité de capture des moustiques à la recherche d'oiseaux collectés sur le terrain pendant 66 nuits de piège. Nous avons estimé que 7,5 moustiques par nuit de piège tentaient de se nourrir d'oiseaux nicheurs dans des nichoirs artificiels. La présence du NMT n'a pas eu d'effet négatif sur le succès de nidification des oiseaux par rapport aux nichoirs occupés qui n'ont pas été échantillonnés avec le piège. De futures études utilisant le NMT pourraient élucider le rôle des oisillons dans la transmission des arbovirus et affiner davantage les estimations des taux de contact des oiseaux nicheurs et des vecteurs. © 2012 La Société d'écologie vectorielle.

Friedman, Nizan Chan, Vicky Zondervan, Danny Bachman, Mark Reinkensmeyer, David J

Les personnes ayant subi un AVC doivent généralement effectuer une grande partie de leurs exercices manuels à la maison sans l'aide d'un professionnel dès deux semaines après l'AVC. Sans rétroaction ni encouragement, les individus perdent souvent leur motivation à s'exercer à utiliser la main affectée, et cette désuétude contribue à d'autres déclins de la fonction de la main. Nous avons développé le MusicGlove comme un moyen de faciliter et de motiver à la maison la pratique du mouvement de la main. Cet appareil à faible coût utilise la musique comme moyen interactif et motivant pour guider l'exercice de la main et évaluer quantitativement la récupération des mouvements de la main. Il oblige l'utilisateur à pratiquer des mouvements fonctionnels, y compris la prise en tenaille, la prise de pincement des touches et l'opposition doigt-pouce, en utilisant ces mouvements pour jouer différentes notes de musique, jouées en même temps que des chansons affichées par un jeu informatique interactif. Nous rapportons ici la conception du gant et les résultats d'une expérience en une seule session avec 10 participants ayant subi un AVC chronique. Nous avons constaté que le gant est bien adapté à une utilisation par des personnes ayant un niveau de déficience quantifié par un score Box and Blocks d'au moins environ 7 que le gant peut être utilisé pour obtenir une mesure de la dextérité de la main (% de notes frappées) qui est fortement corrélée avec le score Box and Blocks et que l'incorporation de la musique dans l'entraînement a amélioré de manière significative à la fois les mesures objectives de la performance motrice de la main et les auto-évaluations de la motivation pour l'entraînement en une seule session.

Gazzoni, Marco Celadon, Nicolò Mastrapasqua, Davide Paleari, Marco Margaria, Valentina Ariano, Paolo

L'étude du mouvement de la main et des doigts est un sujet important avec des applications en prothèse, en rééducation et en ergonomie. L'électromyographie de surface (sEMG) est l'étalon-or pour l'analyse de l'activation musculaire. Des études antérieures ont étudié le nombre optimal d'électrodes et leur positionnement sur l'avant-bras pour obtenir des informations représentatives de l'activation musculaire et robustes aux mouvements. Cependant, la distribution spatiale sEMG sur l'avant-bras lors des mouvements de la main et des doigts et ses changements dus aux différentes positions de la main n'a jamais été quantifié. Le but de ce travail est de quantifier 1) la localisation spatiale de l'activité EMG de surface des muscles distincts de l'avant-bras lors des mouvements libres dynamiques du poignet et des doigts simples et 2) l'effet de la position de la main sur la distribution de l'activité sEMG. Les sujets ont effectué des tâches dynamiques cycliques impliquant le poignet et les doigts. Les tâches du poignet et la tâche d'ouverture/fermeture de la main ont été effectuées avec la main en position couchée et neutre. Un gant sensoriel a été utilisé pour l'enregistrement cinématique. Les signaux sEMG ont été acquis à partir des muscles de l'avant-bras à l'aide d'une grille de 112 électrodes intégrées dans un manchon textile extensible. Les zones d'activité sEMG ont été identifiées par une technique de segmentation après une étape de réduction de la dimensionnalité des données basée sur la factorisation matricielle non négative appliquée aux enveloppes EMG.Les résultats montrent que 1) il est possible d'identifier des zones distinctes d'activité sEMG sur l'avant-bras pour différents doigts 2) la position de la main influence le niveau d'activité sEMG et la distribution spatiale. Ce travail donne de nouvelles informations quantitatives sur la distribution de l'activité sEMG sur l'avant-bras chez des sujets sains et fournit une base pour de futurs travaux sur l'identification de la configuration optimale des électrodes pour le contrôle basé sur sEMG des prothèses, des exosquelettes ou des orthèses. Un exemple d'utilisation de ces informations pour l'optimisation du système de détection pour l'estimation de la cinématique conjointe à partir de sEMG est rapporté. PMID : 25289669

Brooke, M de L Butchart, S H M Garnett, S T Crowley, G M Mantilla-Beniers, N B Stattersfield, A J

Au cours des derniers siècles, les espèces d'oiseaux se sont détériorées et se sont éteintes à un rythme qui peut être de 2 à 3 ordres de grandeur plus élevé qu'à l'époque préhumaine. Nous avons examiné les taux d'extinction des espèces d'oiseaux désignées en danger critique d'extinction en 1994 et la vitesse à laquelle les espèces ont traversé les catégories de risque d'extinction de la Liste rouge de l'UICN (Union mondiale pour la nature) à l'échelle mondiale pour la période 1988-2004 et régionalement en Australie de 1750 à 2000. Pour l'Australie, nous nous sommes appuyés sur des récits historiques de l'étendue et de l'état des habitats des espèces, de la propagation des espèces envahissantes et des changements dans les fréquences d'observation. Ces ensembles de données ont permis de comparer les taux de déplacement observés dans les catégories de la Liste rouge de l'UICN avec de nouvelles prédictions basées sur le critère E de la Liste rouge de l'UICN, qui se rapporte aux probabilités d'extinction explicites déterminées, par exemple, par l'analyse de la viabilité des populations. La comparaison a également testé si les espèces répertoriées sur la base d'autres critères sont confrontées à une probabilité similaire de passer à une catégorie de menace plus élevée que celles répertoriées sous le critère E. Pour le taux auquel les espèces sont passées de vulnérables à en danger, il y avait une bonne correspondance entre les observations et les prévisions, à la fois dans le monde et en Australie. Néanmoins, les espèces se sont éteintes à un rythme qui, bien qu'historiquement élevé, est de 2 (Australie) à 10 (globalement) fois plus faible que prévu. Bien que la probabilité d'extinction associée à la catégorie en danger critique d'extinction puisse être trop élevée, le manque d'extinctions réalisées peut également être attribué à l'impact bénéfique de l'intervention de conservation. Ces efforts ont peut-être réduit le nombre d'extinctions mondiales de 19 à 3 et considérablement ralenti la trajectoire d'extinction de 33 autres espèces en danger critique d'extinction. Nos résultats suggèrent que les mesures de conservation actuelles profitent aux espèces au bord de l'extinction, mais sont moins ciblées ou ont moins d'effet sur les espèces modérément menacées.

Chu, D-H Stevenson, M A Nguyen, L V Isoda, N Firestone, S M Nguyen, T N Nguyen, L T Matsuno, K Okamatsu, M Kida, H Sakoda, Y

Au Vietnam, les marchés d'oiseaux vivants se trouvent dans la plupart des centres peuplés, offrant le moyen par lequel la volaille fraîche peut être achetée par les consommateurs pour une consommation immédiate. Les marchés d'oiseaux vivants sont des points de rassemblement pour un grand nombre de volailles et, par conséquent, il est courant qu'une gamme de virus de la grippe aviaire se mélange au sein des marchés d'oiseaux vivants en raison du regroupement de différents types et espèces de volailles provenant de différents emplacements géographiques. Nous avons mené une étude transversale dans sept marchés d'oiseaux vivants dans quatre districts de la province de Thua Thien Hue en août et décembre 2014. Les objectifs de cette étude étaient de (i) documenter la prévalence de l'influenza aviaire dans les marchés d'oiseaux vivants (telle que mesurée par isolement du virus) et (ii) quantifier les caractéristiques individuelles des oiseaux, des vendeurs et des marchés qui ont rendu les volailles plus susceptibles d'être positives pour le virus de l'influenza aviaire au moment de la vente. Un questionnaire sollicitant des détails sur les connaissances, les attitudes et les pratiques en matière de grippe aviaire a été administré aux vendeurs de volaille sur les marchés de l'étude. Dans le même temps, des écouvillons et des échantillons de matières fécales ont été prélevés sur des volailles individuelles et soumis à l'isolement du virus de la grippe aviaire. L'ensemble de données final comprenait des échantillons de 1 629 oiseaux provenant de 83 vendeurs sur les sept marchés d'oiseaux vivants. Un total de 113 oiseaux étaient positifs pour l'isolement du virus, une prévalence de 6,9 ​​(IC à 95 % 5,8-8,3) oiseaux positifs pour le virus de l'influenza aviaire pour 100 oiseaux soumis à la vente. Après ajustement pour le regroupement au niveau du marché et des vendeurs individuels, aucune des variables explicatives sollicitées dans le questionnaire n'était significativement associée à la positivité de l'isolement du virus de la grippe aviaire. Les proportions de variance au niveau des marchés individuels, des vendeurs et des oiseaux individuels étaient respectivement de 6 %, 48 % et 46 %. Nous concluons que l'accent des efforts de contrôle de la grippe aviaire au Vietnam devrait être au niveau du vendeur individuel par opposition au niveau du marché. © 2017 Blackwell Verlag GmbH.

Xu, Jianyu Yu, Haizhen Liu, Ying

McLachlin, Stewart D Bailey, Christopher S Dunning, Cynthia E

Dans les études biomécaniques examinant la cinématique articulaire, la mesure la plus courante est l'amplitude de mouvement (ROM), mais d'autres techniques, telles que l'axe hélicoïdal fini (FHA), peuvent élucider plus efficacement les changements dans la pathologie du mouvement 3D. L'une des lacunes de la technique FHA réside dans la quantification des axes générés tout au long d'une séquence de mouvement. Cette étude a tenté de résoudre ce problème via une technique géométrique informatique connue sous le nom de forme alpha, qui délimite un ensemble de données ponctuelles à l'intérieur d'une frontière fermée similaire à une enveloppe convexe. Le but de cette étude était d'utiliser la forme alpha comme outil supplémentaire pour visualiser et quantifier la dispersion de la FHA entre les mouvements de la colonne vertébrale cadavérique intacts et blessés et comparer ces changements aux mesures ROM de référence. La flexion-extension, la rotation axiale et la flexion latérale ont été simulées avec cinq segments de mouvement C5-C6 à l'aide d'un simulateur de charge vertébrale et du système de suivi de mouvement Optotrak. Les échantillons ont d'abord été testés intacts, suivis d'un modèle de blessure simulée. La ROM et les FHA ont été calculées post-hoc, avec des formes alpha et des coques convexes générées à partir des points d'interception planaires anatomiques des FHA. Alors que la ROM et les zones de forme limite augmentaient avec la blessure (p quantifie les séquences de cinématiques articulaires décrites par des diagrammes de dispersion tels que les données d'interception FHA. Copyright © 2015. Publié par Elsevier Ltd.

Koehler, Anson V Pearce, John M Flint, Paul L Franson, J Christian Ip, Hon S

Le rôle des oiseaux migrateurs dans le mouvement de l'influenza aviaire hautement pathogène (HP) H5N1 reste un sujet de débat. La mise à l'essai d'hypothèses concernant le mouvement intercontinental des virus de l'influenza aviaire faiblement pathogène (IAPL) aidera à évaluer le potentiel que les oiseaux sauvages pourraient transporter des souches d'origine asiatique de l'influenza aviaire HP vers l'Amérique du Nord pendant la migration. Les évaluations nord-américaines précédentes de la variation génétique de l'IAPL ont trouvé peu d'événements de réassortiment asiatiques. Ici, nous présentons les résultats d'analyses du génome entier d'isolats de LPAI collectés en Alaska à partir du canard pilet (Anas acuta), une espèce qui migre entre l'Amérique du Nord et l'Asie. Les analyses phylogénétiques ont confirmé la divergence génétique entre les souches asiatiques et nord-américaines de LPAI, mais ont également suggéré des échanges de virus intercontinentaux et à une fréquence plus élevée que précédemment documentée. Dans 38 isolats d'Alaska, près de la moitié (44,7 %) avaient au moins un segment de gène plus étroitement lié aux souches asiatiques qu'aux souches nord-américaines de la LPAI. De plus, les séquences de plusieurs isolats asiatiques de LPAI de GenBank se sont regroupées plus étroitement avec les isolats nord-américains de pilet pilet qu'avec d'autres virus d'origine asiatique. Nos données soutiennent le rôle des oiseaux sauvages dans le transfert intercontinental des virus de la grippe et révèlent un degré de transfert plus élevé en Alaska qu'ailleurs en Amérique du Nord.

Koehler, A.V. Pearce, J.M. Flint, Paul L. Franson, J.C. Ip, Hon S.

Le rôle des oiseaux migrateurs dans le mouvement de l'influenza aviaire hautement pathogène (HP) H5N1 reste un sujet de débat. La mise à l'essai d'hypothèses concernant le mouvement intercontinental des virus de l'influenza aviaire faiblement pathogène (LPAI) aidera à évaluer le potentiel selon lequel les oiseaux sauvages pourraient transporter des souches d'origine asiatique de l'influenza aviaire HP vers l'Amérique du Nord pendant la migration. Les évaluations nord-américaines précédentes de la variation génétique de l'IAPL ont trouvé peu d'événements de réassortiment asiatiques. Ici, nous présentons les résultats d'analyses du génome entier d'isolats de LPAI collectés en Alaska à partir du canard pilet (Anas acuta), une espèce qui migre entre l'Amérique du Nord et l'Asie. Les analyses phylogénétiques ont confirmé la divergence génétique entre les souches asiatiques et nord-américaines de LPAI, mais ont également suggéré des échanges de virus intercontinentaux et à une fréquence plus élevée que précédemment documentée. Dans 38 isolats d'Alaska, près de la moitié (44,7 %) avaient au moins un segment de gène plus étroitement lié aux souches asiatiques qu'aux souches nord-américaines de la LPAI. De plus, les séquences de plusieurs isolats asiatiques de LPAI de GenBank se sont regroupées plus étroitement avec les isolats nord-américains de pilet pilet qu'avec d'autres virus d'origine asiatique. Nos données soutiennent le rôle des oiseaux sauvages dans le transfert intercontinental des virus de la grippe et révèlent un degré de transfert plus élevé en Alaska qu'ailleurs en Amérique du Nord. ?? 2008 Les auteurs.

Le développement d'un harnais pour tenir l'émetteur est discuté avec des systèmes satellites pour surveiller les trajectoires de vol des oiseaux et incorporer des informations biologiques dans le signal de suivi.

Weber, Samuel Beutel, Jan Faillettaz, Jérome Hasler, Andreas Krautblatter, Michael Vieli, Andreas

Comprendre la cinématique des pentes rocheuses dans le pergélisol rocheux escarpé et fracturé est une tâche difficile. Des études récentes en laboratoire ont permis de mieux comprendre la fatigue et la fracturation des roches dans des environnements froids, mais n'ont pas été confirmées avec succès par des études sur le terrain. Cette étude présente une série chronologique unique de la cinématique des fractures, des températures des roches et des conditions environnementales à 3500 m a. s. l. sur le Hörnligrat escarpé et fortement fracturé du Cervin (Alpes suisses). Grâce à 8 années de données continues, l'évolution à plus long terme de la cinématique de fracture dans le pergélisol peut être analysée avec un niveau de détail sans précédent. Des preuves de tendances communes dans le schéma spatio-temporel de la cinématique des fractures ont pu être trouvées : un mouvement saisonnier partiellement réversible peut être observé à tous les emplacements, avec des amplitudes variables. Dans le contexte plus large de l'évaluation de la stabilité des talus rocheux, nous proposons de séparer les composantes réversibles (élastiques) de la cinématique de fracture, causées par les déformations thermoélastiques, de la composante irréversible (plastique) due à d'autres processus. Une analyse de régression entre la température et le déplacement de la fracture montre que toutes les fractures instrumentées présentent des déplacements réversibles qui dominent la cinématique de fracture en hiver. De plus, retirer cette composante réversible du déplacement observé permet de quantifier la composante irréversible. A partir de là, une nouvelle métrique - appelée indice d'irréversibilité - est proposée pour quantifier l'irréversibilité relative de la cinématique de fracture. Ce nouvel indice permet d'identifier les périodes où les déplacements des fractures sont dominés par des processus irréversibles. Pour de nombreux capteurs, un déplacement accru irréversible de la fracture est observé en été et son initiation coïncide avec le début des températures positives de la roche. Cela indique probablement des processus liés au dégel, tels que la percolation de l'eau de fonte dans les fractures, en tant que mécanisme de forçage des déplacements irréversibles. Pour quelques fractures instrumentées, des déplacements irréversibles ont été retrouvés au

Abney, Drew H Warlaumont, Anne S Haussman, Anna Ross, Jessica M Wallot, Sebastian

L'association de la théorie des systèmes dynamiques et de la science de la complexité apporte de nouveaux concepts et méthodes à l'étude du développement moteur du nourrisson. En conséquence, cette étude de cas longitudinale présente une nouvelle approche pour caractériser la dynamique des comportements des membres et de la vocalisation des nourrissons. Les vocalisations et les mouvements des membres d'un seul nourrisson ont été enregistrés entre 51 jours et 305 jours. Chaque jour d'enregistrement, des accéléromètres ont été placés sur les quatre membres du nourrisson et un enregistreur audio a été porté sur la poitrine de l'enfant. À l'aide de méthodes d'analyse de séries chronologiques non linéaires, telles que l'analyse de quantification de la récurrence et le facteur d'Allan, nous avons quantifié les changements dans la stabilité et les propriétés multi-échelles des comportements du nourrisson à travers l'âge ainsi que la façon dont ces dynamiques sont liées entre les modalités et les effecteurs. Nous avons observé que des changements particuliers dans ces dynamiques ont précédé ou coïncidé avec le début de diverses étapes du développement. Par exemple, les changements les plus importants dans la dynamique de la vocalisation ont précédé le début du babillage canonique. Les résultats montrent que les analyses non linéaires peuvent aider à comprendre le co-développement fonctionnel de différents aspects du comportement du nourrisson.

Abney, Drew H. Warlaumont, Anne S. Haussman, Anna Ross, Jessica M. Wallot, Sebastian

L'association de la théorie des systèmes dynamiques et de la science de la complexité apporte de nouveaux concepts et méthodes à l'étude du développement moteur du nourrisson. En conséquence, cette étude de cas longitudinale présente une nouvelle approche pour caractériser la dynamique des comportements des membres et de la vocalisation des nourrissons. Les vocalisations et les mouvements des membres d'un seul nourrisson ont été enregistrés entre 51 jours et 305 jours. Chaque jour d'enregistrement, des accéléromètres ont été placés sur les quatre membres du nourrisson et un enregistreur audio a été porté sur la poitrine de l'enfant. À l'aide de méthodes d'analyse de séries chronologiques non linéaires, telles que l'analyse de quantification de la récurrence et le facteur d'Allan, nous avons quantifié les changements dans la stabilité et les propriétés multi-échelles des comportements du nourrisson à travers l'âge ainsi que la façon dont ces dynamiques sont liées entre les modalités et les effecteurs. Nous avons observé que des changements particuliers dans ces dynamiques ont précédé ou coïncidé avec le début de diverses étapes du développement. Par exemple, les changements les plus importants dans la dynamique de la vocalisation ont précédé le début du babillage canonique. Les résultats montrent que les analyses non linéaires peuvent aider à comprendre le co-développement fonctionnel de différents aspects du comportement du nourrisson. PMID : 25161629

Ruiz-Gutierrez, Viviana Kendall, William L. Saracco, James F. White, Gary C.

Notre compréhension des schémas de déplacement des populations fauniques a joué un rôle important dans les connaissances écologiques actuelles et peut éclairer les décisions de conservation des paysages. Des mesures directes des déplacements peuvent être obtenues à l'aide d'individus marqués, mais cela nécessite le suivi des individus dans un paysage ou sur plusieurs sites. Nous montrons comment les déplacements peuvent être estimés indirectement à l'aide de données de capture-marquage-recapture (CMR) sur un seul site avec un système multi-états. conception robuste ouverte avec modèle d'incertitude d'état (MSORD-SU). Nous traitons la résidence et l'éphémère comme deux états phénotypiques des migrants hivernants et utilisons des probabilités d'entrée et de persistance dépendant du temps et de l'état comme mesures indirectes du mouvement. Nous avons appliqué le MSORD-SU aux données sur huit espèces d'oiseaux néotropicaux hivernants collectées dans 14 pays entre 2002 et 2011. En plus des probabilités d'entrée et de persistance, nous avons estimé les proportions de résidents sur un site d'étude et les temps de résidence moyens. des schémas de déplacement et des temps de résidence qui contrastaient avec les catégorisations antérieures de la territorialité. La plupart des espèces ont montré des preuves de résidents entrant dans les sites à plusieurs intervalles de temps, les transitoires ayant tendance à entrer entre les périodes de pointe de mouvement des résidents. La persistance et la proportion de résidents variaient selon la latitude, mais n'étaient pas toujours positivement corrélées pour une espèce donnée.Synthèse et applications. Nos résultats suggèrent que les oiseaux chanteurs migrateurs se déplacent couramment entre les habitats pendant la période d'hivernage. Des proportions substantielles des populations semblent être composées d'individus de passage, et les résidents ont tendance à persister dans des sites spécifiques pendant des périodes de temps relativement courtes. Ces informations sur la persistance et les schémas de déplacement devraient être explorées pour des habitats spécifiques afin de guider la gestion du paysage sur les aires d'hivernage, comme déterminer quels habitats sont conservés ou restaurés dans le cadre des programmes de certification des cultures agroforestières tropicales. Nous suggérons que

Ironside, Kirsten E. Mattson, David J. Theimer, Tad Jansen, Brian Holton, Brandon Arundel, Terry Peters, Michael Sexton, Joseph O. Edwards, Thomas C.

Les études de relocalisation des mouvements des animaux se sont concentrées sur les mouvements dirigés par rapport aux zones restreintes, qui reposent sur des corrélations entre la longueur des pas et les angles de virage, ainsi qu'un degré de stationnarité dans le temps pour définir les états comportementaux. Bien que ces approches puissent bien fonctionner pour les stratégies d'alimentation au pâturage dans un paysage inégal, les espèces qui ne passent pas beaucoup de temps à rechercher et à ramasser de petits aliments dispersés, mais qui se nourrissent plutôt pendant de courtes périodes de grandes sources concentrées ou cachent de la nourriture entraînent mouvements qui peuvent être difficiles à analyser en utilisant uniquement le virage et la vitesse. Nous utilisons la télémétrie GPS collectée auprès d'un prédateur cachant des proies, le couguar (Puma concolor), pour tester si l'ajout de mesures de mouvement supplémentaires capturant la récursivité du site, à la vitesse et au virage plus traditionnels, améliore la capacité d'identifier les comportements. Nous avons évalué la capacité de notre indice de mouvement à identifier des comportements à l'aide d'enquêtes sur le terrain. Nous avons également testé la stationnarité statistique à travers les comportements pour l'utilisation de vues topographiques. Nous avons trouvé peu de corrélation entre l'angle de virage, la vitesse, la tortuosité et la fidélité au site et les avons combinés dans un indice de mouvement utilisé pour identifier les trajectoires de mouvement (mouvements autocorrélés dans le temps) liés aux mouvements dirigés rapides (taxis), aux mouvements restreints (recherche) et aux proies la mise en cache (la recherche de nourriture). Les changements dans la fréquence et la durée de ces déplacements ont été utiles pour identifier les activités saisonnières telles que la migration et la mise bas chez les femelles. La comparaison des enquêtes sur le terrain des activités du couguar avec les classes comportementales définies à l'aide de l'indice de mouvement a trouvé une précision de classification globale de 81%. Les changements de comportement ont entraîné des changements dans la façon dont les couguars utilisaient les vues topographiques, montrant une non-stationnarité statistique au fil du temps. L'indice de mouvement est prometteur pour l'identification des comportements chez les espèces qui retournent fréquemment dans des endroits spécifiques tels que les caches de nourriture, les points d'eau ou les tanières, et met en évidence le rôle

Sañudo, Borja Rueda, David Pozo-Cruz, Borja Del de Hoyo, Moisés Carrasco, Luis

Sañudo, B, Rueda, D, del Pozo-Cruz, B, de Hoyo, M, et Carrasco, L. Validation d'un logiciel d'analyse vidéo pour quantifier la vitesse de mouvement dans les exercices de résistance. J Strength Cond Res 30 (10) : 2934-2941, 2016-Le but de cette étude était d'établir la validité d'un logiciel d'analyse vidéo pour mesurer la vitesse moyenne de propulsion (MPV) et la vitesse maximale pendant le développé couché. Vingt et un hommes en bonne santé (21 ± 1 an) avec une expérience de musculation ont été recrutés, et le MPV et la vitesse maximale de la phase concentrique (Vmax) ont été comparés à un système de transducteur de position linéaire au cours d'un exercice de développé couché standard. Les participants ont effectué un test maximum de 1 répétition en utilisant l'exercice de développé couché couché. Les procédures de test impliquaient l'évaluation simultanée de la vitesse de propulsion du développé couché à l'aide de 2 systèmes cinématiques (transducteur de position linéaire et logiciel de suivi semi-automatique). Des coefficients de corrélation élevés de Pearson pour MPV et Vmax entre les deux dispositifs (r = 0,473 à 0,993) ont été observés. Les coefficients de corrélation intraclasse pour les données de vitesse d'haltères et les données cinématiques obtenues à partir de l'analyse vidéo étaient élevés (> 0,79).De plus, les faibles coefficients de variation indiquent que les mesures avaient une faible variabilité. Enfin, les graphiques de Bland-Altman avec les limites d'accord du MPV et de la Vmax avec différentes charges ont montré une tendance négative, ce qui indiquait que l'analyse vidéo avait des valeurs plus élevées que le transducteur linéaire. En conclusion, cette étude a démontré que le logiciel utilisé pour l'analyse vidéo était un outil facile à utiliser et rentable avec un très haut degré de validité concurrente. Ce logiciel peut être utilisé pour évaluer les changements de vitesse de la charge d'entraînement dans l'entraînement en résistance, ce qui peut être important pour la prescription et le suivi des programmes d'entraînement.

Stahl, Randal S Custer, Thomas W Pochop, Patricia A Johnston, John J

Une méthode utilisant un substitut deutéré du chlorhydrate de 3-chloro-p-toluidine avicide (CPTH) a été développée pour quantifier les résidus de CPTH dans le tractus gastro-intestinal (GI) et les tissus musculaires mammaires chez les oiseaux collectés dans des champs de tournesol et de riz appâtés CPTH. Cette méthode a augmenté la plage d'une précédente méthode de substitution/chromatographie en phase gazeuse/spectroscopie de masse de 0-2 à 0-20 microg/g dans les échantillons de tissus et a considérablement simplifié la procédure d'extraction. La méthode modifiée cherchait également à augmenter les récupérations sur une gamme d'effets de matrice introduits en analysant les tissus d'oiseaux prélevés sur le terrain, où le contenu du tractus gastro-intestinal serait affecté par la variation du régime alimentaire. La nouvelle méthode a été utilisée pour déterminer la concentration de CPTH dans des échantillons du tractus gastro-intestinal enrichis d'appâts de riz traités à la CPTH pour simuler la consommation de quantités variables d'appâts traités par deux espèces d'oiseaux non ciblées, le pigeon (Columbia livia) et le moineau domestique (Passer domesticus). La nouvelle méthode a ensuite été utilisée pour examiner les concentrations de CPTH dans le contenu du gésier des espèces d'oiseaux ciblées, l'oiseau noir à ailes rouges (Agelaius phoeniceus) et le vacher à tête brune (Molothrus ater), qui ont été collectées après s'être nourries sur un site d'appât traité. . La méthode s'est avérée suffisamment sensible pour quantifier la CPTH dans les tissus musculaires de la poitrine et le contenu du gésier des carouges à épaulettes et des vachers à tête brune au cours d'un programme d'appâtage opérationnel. Les niveaux de CPTH déterminés pour ces oiseaux dans les deux échantillons de tissus étaient hautement corrélés. L'apparition de CPTH dans le tissu musculaire mammaire immédiatement après la tétée n'était pas prévue. Le danger secondaire potentiel que représentent les oiseaux ciblés pour les charognards et les prédateurs potentiels a également été évalué.

Stahl, R.S. Custer, T.W. Pochop, PA Johnston, J.J.

Une méthode utilisant un substitut deutéré du chlorhydrate de 3-chloro-p-toluidine (CPTH) avicide a été développée pour quantifier les résidus de CPTH dans le tractus gastro-intestinal (Gl) et les tissus musculaires de la poitrine chez des oiseaux collectés dans des champs de tournesol et de riz appâtés au CPTH. Cette méthode a augmenté la plage d'une précédente méthode de substitution/chromatographie en phase gazeuse/spectroscopie de masse de 0-2 à 0-20mug/g dans les échantillons de tissus et a considérablement simplifié la procédure d'extraction. La méthode modifiée cherchait également à augmenter les récupérations sur une gamme d'effets de matrice introduits en analysant les tissus d'oiseaux prélevés sur le terrain, où le contenu du tractus gastro-intestinal serait affecté par la variation du régime alimentaire. La nouvelle méthode a été utilisée pour déterminer la concentration de CPTH dans des échantillons du tractus gastro-intestinal enrichis d'appâts de riz traités à la CPTH pour simuler la consommation de quantités variables d'appâts traités par deux espèces d'oiseaux non ciblées, le pigeon (Columbia livia) et le moineau domestique (Passer domesticus). La nouvelle méthode a ensuite été utilisée pour examiner les concentrations de CPTH dans le contenu du gésier des espèces d'oiseaux ciblées, l'oiseau noir à ailes rouges (Agelaius phoeniceus) et le vacher à tête brune (Molothrus ater) qui ont été collectés après s'être nourris sur un site d'appât traité. La méthode s'est avérée suffisamment sensible pour quantifier la CPTH dans les tissus musculaires de la poitrine et le contenu du gésier des carouges à épaulettes et des vachers à tête brune au cours d'un programme d'appâtage opérationnel. Les niveaux de CPTH déterminés pour ces oiseaux dans les deux échantillons de tissus étaient hautement corrélés. L'apparition de CPTH dans le tissu musculaire mammaire immédiatement après la tétée n'était pas prévue. Le danger secondaire potentiel que représentent les oiseaux ciblés pour les charognards et les prédateurs potentiels a également été évalué.

Jessie L. Knowlton David J. Flaspohler Eben H. Paxton Tadashi Fukami Christian P. Giardina Daniel S. Gruner Erin E. Wilson Rankin

Les animaux augmentent souvent leur fitness en se déplaçant dans l'espace en réponse à la variation temporelle de la qualité de l'habitat et de la disponibilité des ressources, et à la suite d'interactions intra et interspécifiques. La persistance à long terme des populations et même des espèces entières dépend des schémas collectifs des déplacements individuels, pourtant les déplacements des animaux ont été peu étudiés.

Ranger Rick's Nature Scope est une série éducative créative dédiée à inspirer aux enfants une compréhension et une appréciation du monde naturel tout en développant les compétences dont ils auront besoin pour prendre des décisions responsables concernant l'environnement. Le contenu est organisé dans les sections suivantes : (1) « Qu'est-ce qui fait d'un oiseau un oiseau ? », qui…

Da Silveira, Natalia Stefanini Niebuhr, Bernardo Brandão S Muylaert, Renata de Lara Ribeiro, Milton Cezar Pizo, Marco Aurélio

Le mouvement est un processus spatio-temporel clé qui permet des interactions entre les animaux et d'autres éléments de la nature. La compréhension des trajectoires des animaux et des mécanismes qui les influencent au niveau du paysage peut donner un aperçu des processus écologiques et des solutions potentielles à des problèmes écologiques spécifiques. Sur la base de modèles de recherche de nourriture optimaux et de preuves empiriques, nous avons émis l'hypothèse que le mouvement des grives est très tortueux (faibles vitesses de déplacement moyennes et répartition homogène des angles de virage) à l'intérieur des forêts, modérément tortueux dans les zones urbaines, qui présentent des niveaux de ressources intermédiaires, et peu tortueux ( vitesses de déplacement élevées et angles de braquage proches de 0 radians) dans les types à matrice ouverte (par exemple, cultures et pâturages). Nous avons utilisé des données sur les trajectoires de deux espèces de grives communes (Turdus rufiventris et Turdus leucomelas) recueillies par radiotélémétrie dans une région fragmentée du Brésil. À l'aide d'une approche de sélection de modèle de probabilité maximale, nous avons ajusté quatre modèles de distribution de probabilité aux données de vitesse moyenne, en considérant des distributions à queue courte, à queue longue et sans échelle (pour représenter différents régimes de variation de mouvement), et une distribution aux données d'angle relatif. Les modèles incluaient le type de couverture terrestre et la distance par rapport aux lisières de la matrice forestière comme variables explicatives. La vitesse était plus grande loin des lisières de la forêt et augmentait plus rapidement à l'intérieur de l'habitat forestier par rapport aux matrices urbaines et ouvertes. Cependant, l'angle de braquage n'était pas influencé par la couverture terrestre. Les grives présentaient une trajectoire très tortueuse, avec de nombreux déplacements suivis de virages proches de 180 degrés. Les trajectoires des grives ressemblaient à des marches aléatoires tortueuses et dépendantes de l'habitat et des lisières, avec une échelle de déplacement bien définie à l'intérieur de chaque type de couverture terrestre. Bien que les grives soient des généralistes de l'habitat, elles ont montré une plus grande préférence pour les lisières forestières et peuvent donc être considérées comme des spécialistes des lisières. Nos résultats renforcent l'importance d'étudier les schémas de déplacement des animaux afin de comprendre les processus écologiques tels que

Contexte L'identification des mouvements des humains et des parasites du paludisme est importante pour la planification de la lutte à toutes les intensités de transmission. Les infections importées peuvent réintroduire des infections dans des zones auparavant indemnes d'infection, maintenir des « points chauds » de transmission et importer des souches résistantes aux médicaments, remettant en cause les programmes de contrôle nationaux à diverses échelles temporelles et spatiales. Des analyses récentes basées sur les données d'utilisation des téléphones portables ont fourni des informations précieuses sur les mouvements de population et de parasites probables à l'intérieur des pays, mais ces données sont limitées à des analyses infranationales, laissant d'importants mouvements transfrontaliers négligés. Méthodes Les données du recensement national ont été utilisées pour analyser et modéliser la migration et les mouvements transfrontaliers, en prenant l'Afrique de l'Est comme exemple. Des « hotspots » d'immigrants spécifiques à l'origine des pays voisins ont été identifiés pour le Kenya, la Tanzanie et l'Ouganda. Les populations de migrants spécifiques à l'origine ont été comparées à la distance par rapport aux frontières du pays d'origine et à la taille de la population à destination, et des modèles de régression ont été développés pour quantifier et comparer les différences dans les schémas migratoires. Les données sur les migrations ont ensuite été combinées avec les données existantes sur le paludisme référencées dans l'espace pour comparer la propension relative aux mouvements transfrontaliers du paludisme dans la région. Résultats Les modèles spatiaux et les processus d'immigration étaient différents entre chaque paire de pays d'origine et de destination. Les points chauds d'immigration, par exemple, étaient concentrés près des frontières du pays d'origine pour la plupart des immigrants en Tanzanie, mais pour le Kenya, une tendance similaire n'a été observée que pour les immigrants tanzaniens et ougandais. Les ajustements du modèle de régression différaient également entre les groupes de migrants spécifiques, certains schémas de migration dépendant davantage de la taille de la population à destination et de la distance parcourue que d'autres. Avec ces différences entre les schémas et les processus d'immigration, et le risque de transmission hétérogène en Afrique de l'Est et dans la région environnante, les propensions à importer des infections paludéennes montrent également probablement

Ironside, Kirsten E Mattson, David J Theimer, Tad Jansen, Brian Holton, Brandon Arundel, Terence Peters, Michael Sexton, Joseph O Edwards, Thomas C

De nombreuses études sur les mouvements des animaux se sont concentrées sur les mouvements dirigés par rapport aux zones restreintes, qui reposent sur des corrélations entre la longueur des pas et les angles de virage et sur la stationnarité dans le temps pour définir les états comportementaux. Bien que ces approches puissent bien s'appliquer au pâturage dans des paysages inégaux, les espèces qui se nourrissent pendant de courtes périodes de grandes sources de nourriture concentrées ou cachent de la nourriture présentent des mouvements difficiles à modéliser en utilisant uniquement les métriques traditionnelles d'angle de virage et de longueur de pas. Nous avons utilisé la télémétrie GPS collectée auprès d'un prédateur cachant des proies, le couguar (Puma concolor, Linnaeus), pour tester si la combinaison de métriques de récursivité du site, de regroupement spatio-temporel, de vitesse et de transformation en un indice de mouvement utilisant des sommes partielles, améliore la capacité à identifier le comportement de mise en cache. L'indice a été utilisé pour identifier les changements dans les caractéristiques du mouvement au fil du temps et segmenter les trajectoires en classes comportementales. L'identification des comportements à partir du Path Identification Index (PII) a été évaluée à l'aide d'enquêtes sur le terrain des activités des couguars à des emplacements GPS. Nous avons testé la stationnarité statistique à travers les comportements pour l'utilisation de vues topographiques. Les changements dans la fréquence et la durée des PII ont été utiles pour identifier les activités saisonnières telles que la migration, la gestation et la mise bas. La comparaison des enquêtes sur le terrain des activités des couguars aux classes comportementales PII a abouti à une précision de classification globale de 81%. Les changements de comportement se sont reflétés dans l'utilisation par les couguars de points de vue topographiques, ce qui a entraîné une non-stationnarité statistique au fil du temps et a révélé des aspects importants du comportement de chasse. L'intégration de métriques de récursivité sur site et de regroupement spatio-temporel a révélé la structure temporelle des mouvements d'un butineur en cache. L'indice de mouvement PII est prometteur pour l'identification des comportements chez les espèces qui retournent fréquemment dans des endroits spécifiques tels que les caches de nourriture, les points d'eau ou les tanières, et met en évidence le rôle potentiel que la mémoire et les capacités cognitives jouent dans

Sharps, Elwyn Smart, Jennifer Mason, Lucy R Jones, Kate Skov, Martin W Garbutt, Angus Hiddink, Jan G

Le pâturage de conservation pour les oiseaux nicheurs doit équilibrer les effets positifs sur la structure de la végétation et les effets négatifs du piétinement des nids. Au Royaume-Uni, les populations de Chevalier gambette Tringa totanus se reproduisant dans les marais salés ont diminué de plus de 50 % entre 1985 et 2011. Ces déclins ont été liés à des changements dans la gestion des pâturages. Les densités de reproduction les plus élevées de chevaliers gambettes dans les marais salés se trouvent dans les zones peu pâturées. Les initiatives de conservation ont encouragé le pâturage de faible intensité pour quantifier (i) la répartition spatiale et temporelle du bétail par rapport à la répartition des habitats de nidification des chevaliers gambettes et (ii) les taux de piétinement des nids factices. La répartition du bétail était très variable en fonction à la fois de la saison et du marais salé à l'étude, le bétail utilisant entre 3 % et 42 % de l'étendue du marais salé et passant la plupart de son temps dans un habitat à plus haute altitude à moins de 500 m de la digue, mais en allant plus loin dans le marais salé au fur et à mesure que la saison avançait. Les chevaliers gambettes nicheurs nichent également dans ces zones de haute altitude, et cette reproduction coïncide avec la première période de broutage. La probabilité de piétinement des nids était corrélée à la densité du bétail et était jusqu'à six fois plus élevée dans les zones où se reproduisaient les chevaliers gambettes. Ce chevauchement dans l'espace et dans le temps de l'utilisation de l'habitat par le bétail et le chevalier gambette signifie que la probabilité de piétinement d'un nid peut être beaucoup plus élevée que ce à quoi on pourrait s'attendre sur la base des mesures standard de la densité du bétail. Synthèse et applications : Parce que le pâturage des marais salés est nécessaire pour maintenir une structure de végétation favorable à l'élevage du chevalier gambette, la gestion du pâturage


Voir la vidéo: Erdas 2014:Découpage dune image Raster a partir dun fichier shp